噬菌体论文：福氏志贺菌血清型多重PCR分型方法的建立及应用.docVIP

噬菌体论文：福氏志贺菌血清型多重PCR分型方法的建立及应用 【中文摘要】针对O抗原合成基因wzx和O抗原的修饰基因gtrI，gtrIc，gtrII，oac，gtrIV，gtrV和gtrX设计引物，以常见的14种福氏志贺菌血清型（包括1a、1b、1c、2a、2b、3a、3b、4a、4b、5a、X、Xv、Y、和F6）为标准菌株，建立福氏志贺菌血清型多重PCR分型方法。方法多重PCR：根据O抗原的合成基因wzx和O抗原的修饰基因gtrI，gtrIc，gtrII，oac，gtrIV，gtrV和gtrX设计并合成引物，对常见的14种福氏志贺菌血清型（包括1a、1b、1c、2a、2b、3a、3b、4a、4b、5a、Y、X、Xv和F6）建立一种多重PCR鉴定方法。有效性验证：对不同血清型的总共358株福氏志贺菌对此方法的有效性验证。结果本实验建立了针对O抗原的合成基因wzx和O抗原的修饰基因gtrI，gtrIc，gtrII，oac，gtrIV，gtrV和gtrX的一种多重PCR鉴定方法，对常见的14种福氏志贺菌血清型（包括1a、1b、1c、2a、2b、3a、3b、4a、4b、5a、Y、X、Xv和F6）能有效进行分子分型，并快速、有效的鉴定。用多重PCR对不同血清型的总共358株福氏志贺菌进行分析。除了8个菌株外，其余的都符合，一致率达到97.8%。那8株菌分别为Y为5株，5a为1株，X为2株。传统血清学鉴定为Y和X的菌株，多重PCR显示为2a和2b，而5a（NCTC8523）为一个新的F5。序列分析显示：5株Y中，4株是由于gtrII中移码突变引起的:1株为4个bp的删除（1197-1282），3株为1bp的删除（1031bp）。另一株有完整的gtrII，但是缺失可能存在于其他的地方。对于2株X菌株中，它们在gtrII上都有单个bp的缺失。不规则的5a，很意外的发现oac基因。DNA测序显示:在oac基因上有2个bp的缺失（345-346bp）。多重PCR一次能鉴定8个基因片段，准确、快速，较传统玻片凝集法有诸多优点。结论本研究建立的福氏志贺菌血清特异性多重PCR检测方法具有准确、快速等优点，可用于临床检验和疾病监测。 【英文摘要】To explore a multiplex PCR assay to detect and identify 14 most common S.flexneriserotypes (1a, 1b, 1c, 2a, 2b, 3a, 3b, 4a, 4b, 5a, 5b, X, Xv, Y and F6) targeting the O-antigensynthesis gene wzx and the O-antigen modification genes gtrI, gtrIc, gtrII, oac, gtrIV, gtrV, andgtrX for molecular serotyping of S.flexneri.MethodsTo develop a multiplex PCR assay: Targeting the O-antigen synthesis gene wzx and theO-antigen modification genes gtrI, gtrIc, gtrII, oac, gtrIV, gtrV, and gtrX, we developed amultiplex PCR assay to detect and identify 14 most common S.flexneri serotypes (1a, 1b, 1c, 2a,2b, 3a, 3b, 4a, 4b, 5a, 5b, X, Xv, Y and F6) for molecular serotyping of S.flexneri.To validate availability: 358 S.flexneri strains of various serotypes were analyzed to validatethe method of availability.RusultsThe multiplex PCR assay contained eight sets of specific PCRs in a single tube and canidentify 14 of the 15 serotypes (the exception being serotype Xv) of S.flexneri recognized thusfar.A nearly perfect concordance (97.8%) between multiplex PCR assay and slide agglutin