常见系统发育软件使用.doc

常见系统发育软件使用方法 Xie Lei BJFU 1 Paup MP流程: 准备nex文件(interleave和noninterleave均可) → 存入新建文件夹→拖入paup或用paup打开→ execute → log file → cstatus → tstatus → hsearch → define outgroup → roottrees → savetrees → describetrees →contree(save to file) →save pict→bootstrap(save tree file) →print bootstrap tree→save pict. →stop log. PC版操作，可将附录批处理文件内容粘贴至nex文件后面，execute即可。 2 Paup ML 流程： 准备nex文件(interleave和noninterleave均可) → 存入新建文件夹→拖入paup或用paup打开→execute→从modeltest软件中打开paupblock运算检测模型→生成score file→打开modeltest中的bin读取score数据→生成结果文档→存档并打开此文档→AIC→将begin paup的运算模块贴至原nex数据文件后面→重新将其拖入paup运行→选择ML运算模式→hsearch→打印树图→save pict. →bootstrap.3 Garli运算ML流程： 准备nex文件(interleave) → 存入新建文件夹→拖入paup或用paup打开→execute→输出noninterleave文档（若直接是noninterleave上述过程省略）。 使用noninterleave文档（数据中类群名称不得有单引号，空格，所有方括号中内容删除）→新建文件夹存入→按照流程2进行modeltest→在苹果机上打开Garli→导入数据→把model定好→run(切记此处不要激bootstrap选项) 将上次运算数据拷贝至一新建文件夹→导入苹果版Garli→激活bootstrap选项→定好model→run 所有结果用paup软件打开→save pict→打开bootstrap树→做50% majority rule contree→save pict. 注：Garli苹果和PC版都有但是不同。 数据格式：和算PAUP一样的nexus格式，但是这个格式有很多注意事项，一些常见的小错误会造成软件无法运行。参见下列常见问题： 1 一定要noninterleave的数据，否则软件无法运算 2 [ ]虽然在mrbayes和paup中不成问题但是在garli中有影响，里面内容在算之前全部删除为好。 3 taxon名称中可以有下划线但是不得有空格，逗号句点等，否则无法运行。Mac版 GUI的菜单界面，只要有上述正确的nexus格式的数据文件即可运算。 PC版 Nex format plus a command file 每次使用时拷贝一个软件的文件夹，将此文件夹重新命名（尽量清楚易查询）。将正确的数据文件拷贝到此文件夹下（与garli运行程序在同一目录下）。编辑命令文档（名称是garli），进行参数设置。完成后双击garli运行程序图标即可运算。 4 Bayes 流程 Noninterleave 文件→贴运算程序到文件后面（见附录）→将其拷贝至MrBayes文件夹下→打开运行程序→execute 文件名.扩展名→运算结束后用paup运行源文件→从.t文件中取树→burnin→做50% majority rule contree→save pict. 5 r8s流程 按照流程2进行modeltest→按照流程2进行ML运算→运算结束print tree→检查这棵带枝长的树是否有分支长度为0的分支→如果有在restore和delete taxa中将这些类群去除→存储带枝长的树到file(nex格式) →将树的taxa名称更换为实际类群名称→将树文件贴至运算模版（见附录）→首先进行第一步cross validate→得到smooth值→替换smooth值再算一遍即可。 注：r8s: 该软件与BEAST不同，是对已存在的树进行操作，校订分子钟。算法为PL法。 先选择模型算出一个ML树（要带枝长），注意如果要用这个树算r8s要保证该树各个分支清晰，有较高的分辨率，没有0枝长polytomy。 在这个树的tre的nexus文件上面编辑各种命令，然后输入r8s进行运算。 一定要固定root，ingroup最好有一个以上的constraints. 运算两次，第一次为cross-validation得出smooth value，第二次再设置这个值算出最终结果。 6 BEAST流程 Noninte