基于癌症基因组图谱筛查卵巢浆液性囊腺癌相关基因.PDFVIP

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2018-01-05 发布于天津
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基于癌症基因组图谱筛查卵巢浆液性囊腺癌相关基因.PDF

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基于癌症基因组图谱筛查卵巢浆液性囊腺癌相关基因

2276 中国病理生理杂志　Chinese Journal of athophysiology　2016, 32(12 ):2276-2281、2286 杂志网址:http:/ /www.cjpp. net [文章编号]　1000-4718 (2016 )12-2276-07 短篇论基于癌症基因组图谱筛查卵巢浆液性 * 囊腺癌相关基因 1 1 2△ 李典鹤 , 　黄昌男 , 　李　奇 1 2 (东北师范大学医院内科, 吉林长春 130024;首都医科大学附属北京天坛医院临床医学研究实验室, 北京 100050) 　　[摘　要]　目的:利用全基因组表达谱芯片筛查与卵巢浆液性囊腺癌发生相关的基因, 对在卵巢浆液性囊腺癌发生过程中可能参与的基因间的信号转导通路进行分析。方法:选取癌症基因组图谱 (TCGA )数据库中卵巢浆液性囊腺癌的Affymetrix GeneChip Human Exon 1 .0 ST Array 数据共 16 张, 分别为卵巢浆液性囊腺癌组8 张和正常组8 张, 筛选出差异表达基因, 并进行基因本体(gene ontology, GO )分析和信号通路分析, 构建卵巢浆液性囊腺癌相关基因间的信号转导通路, 分析网络中具有重要作用的基因。结果:共筛选出1 144 个在卵巢癌中差异表达的基因, 其中表达上调的基因有747 个, 表达下调的基因有397 个。 GO 分析得到上调差异基因的显性功能分析结果362 项, 下调差异基因的显性功能分析结果160 项(P0 .05 )。其中包括与肿瘤发生相关的基因功能有细胞周期、DNA 复制、细胞增殖、细胞凋亡、细胞黏附等。信号通路分析得到45 个显上调信号通路和 14 个显下调信号通路(P0 .05 )。其中参与肿瘤发生相关的信号通路主要有细胞周期、 53 信号通路、DNA 复制、肿瘤中的信号通路、 I3K-Akt 信号通路、ECM-receptor 信号通路、细胞黏附因子、细胞凋亡等。挑选显性基因功能和信号通路分析的交集基因229 个, 构建显性GO 与信号通路基因间信号转导网络。分析发现 CDK1、PLK1、MCM3 和PGK1 这4 个基因在卵巢癌的基因调控网络中具有重要作用。结论:卵巢浆液性囊腺癌中有大量差异表达基因, 差异表达的基因在多个与肿瘤发生密切相关的信号通路中发挥重要的调控作用。 [关键词]　卵巢浆液性囊腺癌;基因芯片;差异表达;基因功能;信号通路　　[中图分类号]　R363　　　　　[文献标志码]　A doi:10.3969/j .issn. 1000-4718.2016. 12.026 Gene microarray analysis of ovarian serous cystadenocarcinoma-related genes based on TCGA 1 1 2 LI Dian-he , HUANG Chang-nan , LI Qi 1