基于转录组平台的蛤仔微卫星标记筛选_闫路路_秦艳杰_闫喜武1_王琳楠_毕成隆_张.pdf

网络出版时间：2014-04-17 14:06 网络出版地址：/kcms/doi/10.5846/stxb201305151071.html 第35 卷第5 期                              生 态 学 报                              Vol.35, No.5  2015 年3 月                              ACTA ECOLOGICA SINICA                              Mar.,2015  DOI: 10.5846/stxb201305151071 基于转录组平台的蛤仔微卫星标记筛选 * 闫路路，秦艳杰，闫喜武 ，王琳楠，毕成隆，张津源 ( 大连海洋大学 水产与生命学院, 辽宁省贝类良种繁育工程技术研究中心, 大连 116023 ) 摘要：本实验以菲律宾蛤仔转录组测序所得拼接序列为基础，采用MISA 软件进行微卫星分析，对其中的145 个微卫星位点 进行引物设计，得到具有清晰扩增条带的微卫星位点58 个。对大连庄河野生蛤仔群体的扩增结果表明，18 个位点显示单态 性，40 个位点表现为多态性。该群体40 个多态性微卫星位点得到的等位基因数在2—6 之间，平均等位基因数为3.4250 ± 0.9718，观测杂合度和期望杂合度分别在0.0000—1.0000 和0.0615—0.7996 之间，平均值分别为0.2727 ± 0.2272 和0.4739 ± 0.1902，群体平均Nei 指数为0.4664 ± 0.1872 。多态信息含量（PIC ）在0.0586—0.7529 之间，平均值为0.4148 ± 0.1707，其 中16 个微卫星位点的PIC 值大于0.5，为高度多态性，15 个位点0.25 PIC 0.5 ，为中度多态性，其余9 个为低度多态性。 经Sequential Bonferroni 校正的Hardy-Weinberg 平衡检验，有10 个位点尚未偏离平衡。基于转录组平台筛选微卫星标记的方 法，在很大程度上推动了DNA 分子标记的开发。研究开发的微卫星标记可用于蛤仔群体遗传学、遗传连锁图谱构建及其他 相关研究，为蛤仔分子标记辅助育种及群体种质保护等工作提供技术支持。 关键词：菲律宾蛤仔；转录组；微卫星；遗传多样性 Development of Microsatellite Markers in Ruditapes philippenarum Using Next-Generation Sequencing * YAN Lulu, QIN Yanjie, YAN Xiwu , WANG Linnan, BI Chenglong, ZHANG Jinyuan Engineering Research Center of Shellfish Culture and Breeding in Liaoning Province, College of Fisheries and Life Science, Dalian Ocean University, Dalian, 116023, China Abstract: Ruditapes philippinarum has a high growth rate, short culture cycle, and is highly adaptable. Because of these traits, it is one of China’s four major cultured