生物信息学及其相关数据库.ppt

确定单个基因调控元件的传统实验方法 产生一组缺失重建体 确定启动转录所必需的最短序列 DNAseI超敏感位点研究 确定转录因子结合的区域 DNA足迹和凝胶阻滞实验 确定结合不同调控蛋白的调控元件序列 3.1 确定启动子 通常确定启动子的算法可以分成两种 一种根据启动子区各种转录信号，如TATA box、CAAT box结合对这些保守信号及信号间保守的空间排列顺序的识别进行预测。如PROMOTER20； 另一种方法根据启动子区序列的特征进行预测。Promoter Inspector从一组序列中提取出启动子区的环境特征，并将外显子、内含子和3’端非翻译区的特征与启动子区加以区分，从而在基因组中确定启动子位置。 3.2 转录因子结合部位预测 启动子区确定后，可以通过计算机有哪些信誉好的足球投注网站数据库寻找转录因子结合部位。大多数转录因子结合于短而简并的序列，这些序列在基因组中非常常见。 TRANCFAC数据库从发表的文献中收集了转录因子、转录因子结合部位及结合部位序列信息。目前很多转录因子结合部位的预测都是以这个数据库为基础进行的。 转录因子的作用并不只限于单个基因。大多数转录因子在多个基因的启动子中都有其相应的结合部位，调节这些基因的表达。因此，那些具有共同的转录调控元件，结合一些共同的转录因子，从而对共同的信号通路发生反应的基因被认为是共转录基因。目前已经有很多研究利用基因芯片技术，确定对不同转录因子或外界刺激发生差异表达的基因。 四、生物信息学与基因组研究相关的数据库及软件 4.1 相关数据库 进入生物学数据库的检索工具： Entrez： / Entrez /index.html SRS：http://www.ebi.ac.uk/srs/srsc 基因序列数据库： GenBank：http://www. / EMBL：http://www.ebi.ac.uk DDBJ：http://www.nig.ac.jp GSDB： 四、生物信息学与基因组研究相关的数据库及软件 蛋白质结构及序列数据库: 蛋白质序列 PIR：/dna/proteins/pir.html SwissProt：http://expasy.hcuge.ch/sprot/sprot.top.html 蛋白质三维结构 Swiss 3D-IMAGE：http://expasy.hcuge.ch/pub/graphics 二维蛋白胶 Swiss 3D：http:// expasy.hcuge.ch/ch2d/ch2d.top.html 蛋白质三级结构数据库 PDB： 蛋白质保守的模序和图形 PROSITE：http://www. expasy.hcuge.ch/sprot/prosite.html Blocks： 生物信息中心及生物信息学： John Hopkins bioinformatics Web Server：/hopkins.html Bio SCAN： Gmu Bio informatics Database List：/michaels/Bioinformatics/database.html OMIM： http:// /omimdoc/omimtop.html 四、生物信息学与基因组研究相关的数据库及软件 4.3 相关软件 4.3.1 DNA序列测序软件 Staden程序包： http://www.mrclmb.cam.ac.uk/pubseq/downloads.html 4.3.2 DNA序列分析软件 DNA序列显示和注释工具：Artemis：http://www.sanger.ac.uk/software/Artemis/ 基因判认工具：Genescan：/GENSCAN.html 4.3.3 PCR和测序所需引物的设计程序 primer 5.0 ： /cgi-bin/primer/info.cgi/ Primer Design：Ftp://ftp.chemie.unimarburg.de(/pub/PrimerDesign/ 四、生物信息学与基因组研究相关的数据库及软件 4.3.4 序列相似性和同源比较： 同源比较最常用的软件：CLUSTAL(Ftp://ftp.igbmc.ustrasbg.fr/pub/clustalw 相似性比较最常用的软件：BLAST(/blast/) FASTA(http://www2.ebiac.uk/fasta3/) 4.3.5 系统进化树构建和稳定性分