全基因组序列的系统发育与重组分析鉴定我国马铃薯Y-激光生物学报.PDF

第２６卷第４期 激　光　生　物　学　报 Ｖｏｌ．２６Ｎｏ．４ 　　　　　　　　　　 　　　　　　　　　　　 ２０１７年８月 ＡＣＴＡ　ＬＡＳＥＲ　ＢＩＯＬＯＧＹ　ＳＩＮＩＣＡ Ａｕｇ．２０１７ ｄｏｉ：１０．３９６９／ｊ．ｉｓｓｎ．１００７７１４６．２０１７．０４．０１１ 全基因组序列的系统发育与重组  分析鉴定我国马铃薯 Ｙ病毒株系 １，２ ２，３ ３ ２ ２ 蔡　伟 ，杨宏凯 ，沈建国 ，邹文超 ，高芳銮 （１．福清出入境检验检疫局综合技术服务中心，福建 福清３５０３００；２．福建农林大学植物保护学院，福建 福州３５０００２； ３．福建出入境检验检疫局检验检疫技术中心，福建 福州３５０００１） 摘　要： 为明确我国马铃薯 Ｙ病毒（ＰｏｔａｔｏｖｉｒｕｓＹ，ＰＶＹ）株系组成及其在不同寄主上的分布特征，文章对３１条 ＰＶＹ中国分离物的基因组编码区进行了系统发育及重组分析。系统发育分析结果显示，最大似然法（ｍａｘｉｍｕｍ ｌｉｋｅｌｉｈｏｏｄ，ＭＬ）和邻接法（ｎｅｉｇｈｂｏｒｊｏｉｎｉｎｇ，ＮＪ）重建的系统发育拓扑结构基本一致，ＧＦ＿ＹＬ２０、ＦＺ１０、ＤＦ、ＳＤ１、 １１１６和９７０３３等６个分离物均未与已知株系相聚，其他株系来源相同的分离物以较高的自展值相聚成簇，显示 出较强的株系特异性。重组分析显示，３１个ＰＶＹ分离物中，共有２８个ＰＶＹ分离物均检测到具有显著的重组信 ＮＷｉ ＮＴＮ ＮＴＮＮＷ 号，这些分离物主要包括ＰＶＹ 、ＰＶＹ 和ＰＶＹ 三种株系。进一步分析显示，分离物 １１０４、ＤＦ、ＳＤ１、１１１６ 和９７０３３为未报道过的ＰＶＹ新重组分离物。株系统计结果显示ＰＶＹ重组株系已上升为优势株系，生产上需要 密切注意这些株系，尤其新重组分离物的发展动态。以上结果表明，综合应用ＰＶＹ全基因组序列的系统发育和 重组分析，可以实现ＰＶＹ株系的准确鉴定。 关键词： 马铃薯Ｙ病毒；系统发育分析；重组分析；株系鉴定 中图分类号： Ｓ４３５．３２ 文献标志码： Ａ 文章编号： １００７７１４６（２０１７）０４０３５０１０ ＤｅｔｅｒｍｉｎａｔｉｏｎｏｆＰｏｔａｔｏｖｉｒｕｓＹＳｔｒａｉｎｉｎＣｈｉｎａＢａｓｅｄｏｎＰｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ ａｎｄＲｅｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎＡｎａｌｙｓｅｓｏｆｔｈｅＣｏｍｐｌｅｔｅＧｅｎｏｍｉｃＳｅｑｕｅｎｃｅｓ １，２ ２，３ ３ ２ ２ ＣＡＩＷｅｉ ，ＹＡＮＧＨｏｎｇｋａｉ ，ＳＨＥＮＪｉａｎｇｕｏ ，ＺＯＵＷｅｎｃｈａｏ，ＧＡＯＦａｎｇｌｕａｎ （１．ＣｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅＴｅｃｈｎｉｃａｌＳｅｒｖｉｃｅＣｅｎｔｅｒｏｆＦｕｑｉｎｇＥｎｔｒｙＥｘｉｔＩｎｓｐｅｃｔｉｏｎａｎｄＱｕａｒａｎｔｉｎｅＢｕｒｅａｕ， Ｆｕｑｉｎｇ３５０３００，Ｆｕｊ