甲型HIN1流感病毒蛋白质序列的预测研究.pdf

lO 生 物 技 术 2012年22(6) 甲型 HIN1流感病毒蛋白质序列的预测 张玲 ，高洁 (江南大学理学院，江苏 无锡214122) 摘要：目的：用长记忆模型预测未来年份的甲型H1N1流感病毒的蛋白质序列。方法：基于时间序列分析，首先建立CGR混 沌游走序列 ，再进行模型拟合。对所选取的 1943年一2012年同源性相对较高的70条流感病毒蛋白质序列，先混沌游走再用 ARFIMA(P，d，q)模型对其前10个位置去拟合并且预测。结果：几乎所有原始蛋白质序列的各个位置值都在预报区域内(除极 个别之外)，表明选择的模型比较科学。结论：可以用来预测未来年份的流感病毒蛋 白质序列，对流感病毒的预测和预防有着重 要的研究价值。 关键词：甲流病毒；蛋白质序列 ；预测；CGR游走模型；ARFIMA(P，d，q) 中图分类号：Q332；Q517；0211．6 文献标识码：A doi：10．3969／j．issn．1004—311X．2012．06．131 Predictionf0rBasesofInfluenzaVirusA ／H1N1Pr0teinSequence ZHANG Ling，GAOJie (SchoolofScience，JiangnanUniversity，Wuxi214122，China) Abstract：Objective：ThepurposeofthispaperwastopredicttheinfluenzavirusA ／H1N1proteinsequencethroughlong～memory mode1．M ethod：Basedontimeseriesanalysismethod，thispapersetupthechaosgamerepresentationwalksequence，thenmadethemodel simulation．The70selectedproteinsequenceswithhighhomologyfrom 1943to2012weremadeCGRwalkandthenusedARFIMA(P，d， q)modeltofitandpredictitsformer10positions．Result：Almostallthepositionvaluesofproteinsequencewereintheforecastregionex- ceptafew，showingthatthismodelismorereasonable．Conclusion：Wecanpredictproteinofinfluenzavirusafter2012yearwhichisim- portantresearchvalueforthepredictionandpreventionofinfluenzaviurs． Keywords：influenzaviurs；proteinsequence；prediction；CGRwalkmodel；ARFIMA(P，d，q) 0 引言 1．2 方 法 流感病毒是一种造成人类及动物患流行性感 冒的RNA 1．2．1 基于详细HP模型的蛋白质序列的CGR一游走模型 病毒，每年都会发生流感病且快速地在世界各地传播，甚至会 基于 1990年JeffreyHJ提出的CGR方法 j，2004年 ，喻 导致周期性的大流行。特别是2009年的甲型流感病毒可以 祖国等人提出了基于详细 HP模型的蛋白质序列的CGR方 在人与人之间传播，传播速度快，危害度相 当高，世界卫生组 法 。在详细的HP模型中，将20种氨基酸分为四大类 ：非 织已经将其警戒级别调高至第六级 J，这引起许多学者和专 极性、负极性、无电荷极性和正极性，分别用np、nep、up、pp来 家不同的角度研究和预测流感病毒序列 ，且在寻找