玉米lim结构域蛋白基因家族分析-玉米科学.pdf

玉 米 科 学2013，21(3)：40～47 JournalofMaizeSciences 文章编号：1005-0906(2013)03-0040-08 玉米LIM结构域蛋白基因家族分析 张海燕，李佐同，赵长江，杨克军， 王玉凤，胡雪微，赵 莹 (黑龙江八一农垦大学农学院/寒地作物种质改良与栽培重点实验室，黑龙江 大庆 163319) 摘 要：采用生物信息学的方法，在玉米全基因组水平鉴定并分析玉米LIM蛋白基因，鉴定出11个ZmLIM基 因，分别分布于玉米的8条染色体上。结构域分析表明，多数LIM蛋白包括2个典型的LIM结构域。系统发育分析表 明，LIM家族可以分为3个亚家族。假定调控元件分析发现，所有LIM基因启动子都具有大量花粉特异表达元件，相 对来说其他组织器官特异表达，激素和逆境调控元件数量很少。EST基因表达数据分析表明，该家族成员具有明显的 时空表达特性。 关键词：玉米；LIM结构域；LIM基因家族；生物信息学 中图分类号：S513.035.3 文献标识码：A Genome-wideAnalysisofLIMDomain-containing ProteinGeneFamilyinMaize ZHANGHai-yan,LIZuo-tong,ZHAOChang-jiang,YANGKe-jun, WANGYu-feng,HUXue-wei,ZHAOYing (CollegeofAgriculture,HeilongjiangBayiAgricultural University/ KeyLaboratoryofCropGermplasmImprovementandCultivationinColdRegions,Daqing163319,China) Abstract: By bioinformatic analysis, maize LIM genes were isolated and analyzed in those functions in whole-genomescale.Atotalof11maizeLIM genes(ZmLIM1 toZmLIM11)wereidentified.ZmLIM genesweredis- tributedinallthemaizechromosomesexceptchromosome7and8.Alignmentandmotifanalysisresultsrevealedma- jormaizeLIMproteinssharetwotypicalconserveddomains.PhylogeneticanalysisindicatedLIMfamilycouldbedi- videdintothreesubfamilies.Putativecis-actingregulatoryelementsinvolvedinspecifictissueororgan,phytohor- monesandstress,thetissue-specificexpressionelements,especialpollen-specificelement,wereobservedinthepro- motersofall ZmLIM genes;otherelementsdistributionpresentedfragmentarily.ExpressiondataofESTssuggested maizeLIMgeneshadtemporalandspatialexpressionpattern. Keywords:Maize;LIMdomain;LIMgenefamily;Bioinformaticanalysis 玉米是C 作物，呼吸作用消耗的干物质少，光4