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芯片数据chapter1

功能基因组学 HGP即将完成,我们即将进入“后基因组学”(post-genomics)时代 基因组学研究重心已开始从揭示生命的所有遗传信息转移到在分子整体水平对功能的研究上,即功能基因组学(functional genomics) 功能基因组的任务是 进行基因组功能注释(Genome annotation) 认识基因与疾病的关系 掌握基因的产物及其在生命活动中的作用 功能基因组学的研究内容 进一步识别基因,识别基因转录调控信息,分析遗传语言。 注释所有基因产物的功能,这是目前基因组功能注释的主要层次。 研究基因的表达调控机制,研究基因在生物体代谢途径中的地位,分析基因、基因产物之间的相互作用关系,绘制基因调控网络图。 比较基因组学研究,在基因组水平对各个生物进行对照比较,可以揭示生命的起源和进化、发现蛋白质功能。 人类基因组与其它生物基因组比较 例:人与鼠染色体的差别 Structure Function Pathways Physiology Populations Evolution Ecosystems Genomes Gene Products 后基因组时代 生物信息学与新药研制 未来的药物研究过程将是基于生物信息知识挖掘的过程 数据处理和 关联分析 发现药物 作用对象 确定靶目标 分子 针对靶目标 进行合理的 药物设计 生物信息学与疾病检测 基因组计划产生的基因及基因多态性数据与临床医学检验结果之间的关系需要利用生物信息学的方法去分析、去揭示 根据这样的分析结果,科学家能够更准确地了解疾病产生的根本原因,更精确地预测某个人患癌症、糖尿病或者心脏病的可能性,从而彻底改变我们诊断、治疗和预防疾病的方式 第四节 蛋白质结构与功能关系的研究 蛋白质结构 蛋白质序列 蛋白质功能关系 基因组计划的不断推进,其结果不仅导致DNA序列数据的迅速增长,也导致蛋白质序列数据的迅速增长。 生物信息学在蛋白组学研究中的主要任务是产生和分析蛋白质的结构,并将结构知识应用于生物学、医学、药学等生命科学领域。 蛋白质空间结构预测。 蛋白质结构是合理药物分子设计的基础。 蛋白质结构是蛋白质工程的基础。 基于生物信息学的新药设计 生物信息学 研究蛋白质结构及功能关系 研究蛋白质的进化问题, 研究不同蛋白质之间的进化关系 研究蛋白质的性质 第五节 目前生物信息学主要研究内容 1、 生物分子数据的收集与管理 2、 数据库有哪些信誉好的足球投注网站及序列比较 3、 基因组序列分析 4、基因表达数据的分析与处理 5、蛋白质结构预测 基因组 数据库 蛋白质 序列 数据库 蛋白质 结构 数据库 DDBJ EMBL GenBank SWISS-PROT PDB PIR 1、 生物分子数据的收集与管理 2、 数据库有哪些信誉好的足球投注网站及序列比较 有哪些信誉好的足球投注网站同源序列在一定程度上就是通过序列比较寻找相似序列 序列比较的一个基本操作就是比对(Alignment),即将两个序列的各个字符(代表核苷酸或者氨基酸残基)按照对应等同或者置换关系进行对比排列,其结果是两个序列共有的排列顺序,这是序列相似程度的一种定性描述 多重序列比对研究的是多个序列的共性。序列的多重比对可用来有哪些信誉好的足球投注网站基因组序列的功能区域,也可用于研究一组蛋白质之间的进化关系。 发现同源分子 3、 基因组序列分析 遗传语言分析——天书 基因组结构分析 基因识别 基因功能注释 基因调控信息分析 基因组比较 4、基因表达数据的分析与处理 基因表达数据分析是目前生物信息学研究的热 点和重点 目前对基因表达数据的处理主要是进行聚类分 析,将表达模式相似的基因聚为一类,在此基 础上寻找相关基因,分析基因的功能 所用方法主要有: 相关分析方法 模式识别技术中的层次式聚类方法 人工智能中的自组织映射神经网络 主元分析方法 基因芯片 层次式聚类 二维电泳图 主要研究内容 破译遗传语言、识别基因 预测蛋白质结构和功能 认识生物界信息存贮和传递的本质 研究药物作用机制和开发新药 第二节 生物信息学的发展历史 生物信息学 基本思想的产生 生物信息学 的迅速发展 二十世纪 50年代 二十世纪 80-90年代 生物科学和 技术的 发展 人类基因组 计划的 推动 20世纪50年代,生物信息学开始孕育 20世纪60年代,生物分子信息在概念上将计算 生物学和计算机科学联系起来 20世纪70年代,生物信息学的真正开端 20世纪70年代到80年代初期 ,出现了一系列著 名的序列比较方法和生物信息分析方法 20世纪80年代以后,出现一批生物信息服务机 构和生物信息数据库 20世纪90年代后 ,HGP促进生物信息学的迅速 发展 关

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