megf8基因突变小鼠的lncrna与mrna共表达网络分析word论文.docxVIP

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2018-02-08 发布于上海
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megf8基因突变小鼠的lncrna与mrna共表达网络分析word论文.docx

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megf8基因突变小鼠的lncrna与mrna共表达网络分析word论文

4.3.2 基因匹配............................................................................................224.3.3 获得转录丰度....................................................................................234.4 差异共表达分析的实验数据处理结果.......................................................244.4.1 前期的基因筛选................................................................................244.4.2寻找差异共表达基因 DCGs 254.4.3寻找差异共表达链 DCLs 254.5 差异调控分析的实验数据处理结果...........................................................274.5.1 寻找差异调控基因 DRGs 和差异调控基因对 DRLs 274.5.2 关键调控因子 TF 筛选 28第 5 章实验结果分析................................................................................................305.1 mEGF8 相关的基因 305.2 两种建库方法比较.......................................................................................32第 6 章结论................................................................................................................33致谢..............................................................................................................................34参考文献......................................................................................................................35附录一..........................................................................................................................40附录二..........................................................................................................................42第 1 章绪论1.1 研究背景近些年来，生命科学研究中的非编码调控 RNA [1] 是最热门的领域之一。虽然 mRNA 的研究已经进行了很多年，并且已经初步掌握其构造及其在 DNA 合成过程中的作用机制，但 lncRNA 的研究却是这些年刚刚兴起 [20] 。lncRNA 全名叫长链非编码 RNA，其长度通常超过 200nt，以 RNA 的形式在多种层面上调控基因的表达水平。随着高通量技术的出现 [27] ，lncRNA 的研究有了很大发展，但是人们对其绝大部分功能仍然不清楚。基因共表达指的是同一组样本中，两个基因在表达模式上呈现出相似性。既然转录调控被认为是在转录水平上导致生物差异的最基本原因，那么两种生物样本（如正常和疾病）间的差异调控机制就应该能揭示出造成两种生物样本间具有如此差异的原因。lncRNA 与 mRNA 共表达网络的建立 [3] 将会对两者间的相互作用提供一个崭新的思路，这将对我们进一步挖掘以及理解 lncRNA 的作用机制起到很好的帮助。构建基因共表达网络的算法主要 LRC(long ratio connectivity)、ASC(average specific connection)、WGCNA(weigthed gene coexpression network analysis)等。其中 LR