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用RAPD标记研究苎麻属植物的亲缘关系
用RAPD标记研究苎麻属植物的亲缘关系
摘要:采用改良CTAB法提取了13份苎麻属材料的基因组DNA,利用RAPD进行亲缘关系分析。从120条随机引物中筛选出了23条引物,对13份材料共扩增出235个条带。根据扩增结果进行聚类分析,得到反映各材料间亲缘关系的树状图。RAPD的分析结果与传统分类学的分类结果基本相符。
关键词:苎麻;亲缘关系;RAPD
中图分类号:S563.1;Q78文献标识码:A文章编号:0439-811407-1499-03
Genetic Relationship among Boehmeria spp. Revealed by RAPD
QIU Cai-sheng,CHENG Chao-hua,ZHAO Li-ning,LI Yu-jun,ZANG Gong-gu
Abstract: Genomic DNA extracted from leaves of Boehmeria spp. by improved CTAB method were used to study the genetic relationships of 13 Boehmeria spp. by random amplified polymorphic DNA. 235 bands were amplified by 23 primers selected from 120 arbitrary primers. Genetic distance were calculated; and dendrogram showing genetic relationships was constructed through an unweighted pair-group method based on the amplifying results. This conclusion was consistent with traditional classification.
Key words:Boehmeria spp.; genetic relationships; RAPD
我国是苎麻的发源地,拥有最丰富的苎麻种质资源。国内的科技人员在苎麻资源的搜集、整理、评价方面做了大量工作。
在植物分类学方面,王文采[1]通过形态学分析对我国苎麻属的32种11变种进行了比较全面的描述;臧巩固[2]通过核型分析讨论了苎麻属五组间的进化关系。但是形态学分析和核型分析都有一定的局限性,随着分子生物学的飞速发展,利用分子标记技术对植物进行更加准确客观地分类鉴定和亲缘关系分析成为可能。
本研究以栽培种苎麻“圆叶青”和其他12份野生苎麻为试验材料,利用RAPD技术分析它们之间的亲缘关系,同时结合传统分类学分类方法验证其分析结果的可靠性,为分子标记技术在苎麻属植物的鉴定分类及种间亲缘关系上的分析应用提供了依据。
1材料与方法
1.1材料
13份苎麻材料见表1,均取自国家种质长沙苎麻圃。
1.2方法
1.2.1基因组DNA的提取与检测DNA提取采用改良CTAB法[3,4]并加以改进。取13份苎麻属材料的幼嫩叶片提取基因组DNA。稀释一定倍数后,应用紫外-可见分光光度计检测其在260 nm和280 nm的吸光值,以测定DNA浓度、评估其纯度。
1.2.2RAPD反应体系的优化参照钟军[5]、任春晓[6]的方法并对影响PCR反应的各影响因子逐一进行梯度优化,包括模板DNA用量、Mg2+浓度、Taq酶用量、dNTPs浓度、退火温度、引物浓度、PCR条件等,建立起适合本实验的RAPD反应体系。
1.2.3RAPD扩增、电泳以提取的13种基因组DNA为模板,根据优化后的RAPD反应体系,用120条RAPD引物分别进行PCR扩增。PCR产物进行琼脂糖凝胶电泳,凝胶浓度2%。EB染色后使用凝胶成像系统照相,观察记录。
1.2.4数据统计及遗传多样性分析选择清晰且多态性较高的扩增条带进行统计,相同位置有条带的记为“1”,无条带的记为“0”,失败或缺失的记为“9”。基于扩增产物数据库,应用NTSYSpc-2.10e软件计算相似系数,以获得13份材料的遗传相似系数矩阵,进而采用UPGMA法进行聚类分析,以获得遗传树状图谱并进行分析。
2结果与分析
2.1基因组DNA提取结果
野生苎麻的含糖量很高,从其中提取高质量的基因组DNA具有一定困难。通过改良的CTAB法从野生苎麻叶片中提取的基因组DNA,经紫外分光光度计测定,DNA OD260/OD280比值为1.8~2.0,0.8%的琼脂糖凝胶电泳显示,所提取的基因组DNA显示
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