[心理学]Haploview与PHASE在单体型研究中的应用.pdf

310 福建医科大学学报 2009年 7月 第 43卷第 4期 Haploview与PHASE在单体型研究中的应用 黄 萌，蔡 琳 摘要： 目的 探索 Haploview与 PHASE软件在单核苷酸多态性单体型分析 中的应用。 方法 利用 Hap— Map2009年 Ⅲ期发布 的 XRCC2基 因单个单核苷酸多态性 (SNP)数据，通过 Haploview4．2选择标签 SNP， PHASE2．1构建单体型，并 比较北京汉族人(CHB)与东京 日本人 (JPT)中相应单体型的差异。 结果 在 CHB 和 JPT数据对应人群中，以XRCC2rs3218552、rs3218534、rs3218458、rs3094406和 rs3218408五个标签 SNP构建 的单体型分布差别有统计学意义。 结论 利用Haploview选择标签 SNP，PHASE构建单体型在单体型研究中 可行，但仍须谨慎选择标签 SNP，更可靠 的结果也需要其他软件的协作 。 关键词 ： 等位基因；多态性，单核苷酸；基因型 中国分类号 ：R394．2；R181．33 文献标识码 ： A 文章编号 ：l672—4194(2009)04—03lO—O4 国际人类基 因组单体型图计划于 2002年启动 ， 单体型模型的公用软件包[1]。 目前 的必威体育精装版版本为 2008年即已开始第三期的数据收集 ，标志着单体型 Haploview4．2，可 自http：／／www．broadinstitute． 研究已 日趋成熟 。单体型分析可减少关联研究中 org／haploview／haploview—downloads免 费 下 载。 基因分型的工作量 ，提供 比单个单核苷酸多态性 它须在 1．4版及 以上的 Java运行环境 (JRE)中使 (singlenucleotidepolymorphism，SNP)更为丰富的 用 。PHASE是一款利用人群基因型数据来构建单 信息，并且有助于对低频率变异 (SNP等位基 因频 体型的免费软件 ，由美 国华盛顿大学 的 Matthew 率10 )信息的利用。对人群作单体型分型及其 Stephens编写，目前的必威体育精装版版本 为 PHASE2．1，详 频率的推断是单体型研究的关键 ，而利用分子实验 见 http：／／www．stat．washington．edu／stephens／ 方法推断每一个个体 的单体型，成本高且难度大 ， home．html。在 Windows操作系统下 ，须借助虚拟 不利于大规模人群研 究。因此 ，根据人群基 因型数 D0S的命令提示符窗口来运行软件。 据 ，运用数理统计方法来构建单体型是 目前可行 的 1．2 方法 方法。常用的算法有 Clark、Expectation-Maximiza— 1．2．1 挑选标签 SNP 运行 Haploview4．2软件， tion(EM)和 Bayesian。本研究主要探索基于 EM 在 HapMap格式框 (HapMapFormat)分别读取 算法 的 Haploview 软件 与基于 Bayesian算法 的 CHB与JPT数据 。设置最小等位基 因频率 (minor PHASE软件在单体型研究中的应用。 allelefrequency，MAF)的最小值为 0．05，重新判分 (rescoremarkers)后 ，运行 Tagger工具 ，根据 SNP 1 材料与方法 之间 0．8的原则选择标签 SNPC2~。单体型块的 1．1 材料 划分采用 D置信区间法 (confidenceintervals，CI)， 1．1．1 资料来源 利用 国际人类基 因组单体型图 I]r值的 95 CI在 0．70～0．98的相邻 SNP被归入 计划 (http：／／www．hapmap．org)的通用基 因组浏