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第十章 微生物的分类和鉴定 微生物分类学： 微生物系统学： 分类：是根据一定的原则（表型特征相似性或系统发育相关性）对微生物进行分群归类，根据相似性或相关性水平排列成系统，并对各个分类群的特征进行描述，以便查考和对未被分类的微生物进行鉴定。 鉴定：是指借助于现有的微生物分类系统，通过特征测定，确定未知的、新发现的或未明确分类地位的微生物所应归属分类群的过程。 命名：是根据命名法规，给每一个分类群一个专有的名称。 一、种以上的系统分类单元 （一）7级分类单元 界 Kingdom 门 Phylum（或Division）——亚门 纲 Class ——亚纲 ——超目 目 Order ——亚目 科 Family ——亚科 ——族 ——亚族 属 Genus 种 Species （二）种的概念 定义：种是一个基本分类单位，是一大群表型特征高度相似、亲缘关系极其接近、与同属内其他种有明显差异的菌株的总称。在微生物中，一个种只能用该种内的一个典型菌株作为具体标本，它就是该种的模式种。 新种： sp.nov.或nov. sp.，新被鉴定的种发表时应在其学名后标上sp.nov.的符号，新种发表前应将其模式菌株的培养物存放在一个永久性的保藏机构，并应允许人们从中取得。 （三）种的分类地位举例 二、学名 俗名：具有大众化和简明等优点，但往往涵义不够确切，易于重复，尤其不便于国际间的学术交流。 学名：菌种的科学名称。菌种的学名是按照《国际细菌命名法规》命名的国际学术界公认，并通用的名称。 大肠杆菌——大肠埃希氏菌 绿脓杆菌——铜绿假单胞菌 （一）双名法 一个物种的学名由前面一个属名和后面一个种名加词两部分组成。 学名=属名+种的加词+（首次定名人）+现名定名人和现名定名年份 规定与常识：属名应大写首字母、单数、可以组合外而成。种的加词代表一个种的次要特征，首字小写 Escherichia coli (Migula) Castellani et Chalmers 1919 三、亚种以下的几个分类名词 （一）亚种（subspeciers）：种的进一步细分，一般指其某一明显而稳定的特征与模式中不同的种，常在种名、属名的加词后写上subsp.然后再写具体亚种的加词； （二）变种（ variety）：容易引起混乱； （三）型 form：使用中用型作为后缀；表示细菌菌株，现已作废； 菌株（strain） 表示任何由一个独立分离的单细胞（或单个病毒粒）繁殖而成的纯种群体极其一切后代。 实际上是一个微生物达到遗传性纯的标志。 一种微生物的每一不同来源的纯培养物或纯分离物均可称为某菌种的一个菌株。 一、生物的界级分类学说 生物的界级分类学说：是在认识发展过程中存在的对生物分类的不同阶段的不同观点。 如：二界系统、三界系统、四界系统、五界系统、六界系统和三原界系统 二、三域学说及其发展 伍斯用寡核苷酸序列编目分析法对60多株细菌的16SrRNA序列进行比较后，提出将生物分成为三界（后来改称三个域）：古细菌、真细菌和真核生物。1990年，他为了避免把古细菌也看作是细菌的一类，又把三界（域）改称为：Bacteria（细菌）、Archaea（古生菌）和Eukarya（真核生物），并构建了三界（域）生物的系统树。 二、三域学说及其发展 目前三域学说已获国际学术界的基本肯定。 现今一切生物都由一种共同远祖进化而来。 共同远祖是一种小细胞，先分化出细菌和古生菌这两类原核生物，后来在古生菌分支上的细胞，先后吞噬了α朊细菌和蓝细菌，并发生了内共生，进而两者进化成与宿主难分难解的细胞器，宿主最终也发展成了各类真核生物。 一、Bergey氏原核生物分类系统纲要 1、《伯杰氏手册》简介 20世纪60年代以前，国际上不少细菌分类学家都曾对细菌进行过全面的分类，提出过一些在当代有影响的细菌分类系统。但70年代以后，对细菌进行全面分类的、影响最大的是《伯杰氏手册》。所以该书目前已成为对细菌进行分类鉴定的主要参考书。 1、《伯杰氏手册》简介 《伯杰氏手册》现行版本从1984年开始至1989年分四卷出版，并改名为《伯杰氏系统细菌学手册》（Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology）（第一版）（以下简称《系统手册》第一版），1994年又将《系统手册》1-4卷中有关属以上分类单元的分类鉴定资料进行少量的修改补充后汇集成一册仍用原来书名出版，故称之为《系统手册》第二版，从2000年起发行。 2、《伯杰氏手册》提要 把原核生物分为古生菌界和细菌界两界，相当于维斯三域学说中的两域。 古生菌共包括2门、5组、8纲、11目、17科和63属，共有208个种。 细菌界包括16门、26组、