[医学]上海敏芯信息科技有限公司--代谢组学介绍-整合版.ppt

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代谢组学介绍 从狭义上来讲,代谢组学是通过比较对照组和实验组的代谢组(metabolomes, 某一生物的所有代谢物组分),以寻找其代谢谱差异的研究方法。 1、样品数量 PCa(前列腺癌): 20例 尿液 正常对照:20例 尿液 2、图谱 原始基峰离子(BPI)色谱图,初步观察仪器的保留时间重现性,观察测得的物质数量,不同组之间的色谱图的差异。 3、PCA分析 4、模型判别(ROC曲线、PLS/OPLS-DA判别) 4、差异物质筛选 1)T-test的p值(阈值0.05) 2)PLS-DA模型第一主成分的VIP(Variable Importance in the Projection)值(阈值1),并结合学生氏t检验(t-test)的p值(阈值0.05)来寻找差异性表达代谢物。 3)通过OPLS-DA分析各代谢物相应的相关系数,然后与相应的相关系数临界值表进行比对,得到引起组间差异的代谢物。 利用关键词有哪些信誉好的足球投注网站:“lung cancer”[title] AND (“1980/01/01”[PDAT] : “2010/03/25”[PDAT]),获得37563 篇相关文献。 与肺癌相关gene共有421个,具体列表: 与肺癌相关421个基因的gene ontology分析: 与肺癌相关421个基因的Pathway分析: 与肺癌相关421个基因的gene network分析: miR-21靶基因分析 miR-21靶基因与NLP结果整合分析 基金标书各项内容 包括研究方法、内容、目标、科学意义等 项目的研究意义;国内外研究现状分析;提出问题及假说 不同角度、方向、层次水平的研究内容 年度研究计划;预期研究结果 前期相关研究成果;已掌握相关技术方法等 技术路线;可行性分析 理论创新或技术创新 已具备的实验条件等 研究基础 工作条件 立项依据 研究内容 研究方案 特色及创新 研究计划 摘要 基金标书各项间的关系 明确 清晰 基础 合理;可行 原始创新或跟踪创新 支撑 研究基础 工作条件 研究内容 研究方案 特色及创新 研究计划 摘要 各项内容的总结 项目的研究意义;国内外研究现状分析;提出问题及假说 基础;关键 立项依据 敏芯文献挖掘系统 文献挖掘在基金申请中的应用 明确 清晰 GO分类,pathway,网络图 合理;可行 原始创新或跟踪创新 研究基础 研究内容 研究方案 特色及创新 研究计划 摘要 各项内容的总结 显著相关的基因及代谢通路;提出科研问题及假说 立项依据 协助申请成功的自然基金 心肌梗塞文献挖掘 甲状腺眼病文献挖掘 肺癌预后文献挖掘(与mir-21关联) 项目批准号/ 申请代码1 项目名称 依托单位 批准金额 项目起止年月 H0203 PI3K/Akt信号通路激活对急性心肌梗死的保护作用和机制研究 南京医科大学 20 2012-01至2014-12 2010-2011年 项目批准号/ 申请代码1 项目名称 依托单位 批准金额 项目起止年月 H1615 miR-21及其相关信号通路调控非小细胞肺癌顺铂耐药机制的研究 南京医科大学 24 2012-01至2014-12 项目批准号/ 申请代码1 项目名称 依托单位 批准金额 项目起止年月 H0709 miR-143靶向调控TSHR基因促进甲状腺相关性眼病发病的机制研究 中国人民解放军第二军医大学 50 2012-01至2015-12 协助申请成功的自然基金 2009-2010年(部分) beta-catenin 文献挖掘 骨肉瘤文献挖掘 项目批准号/ 申请代码1 项目名称 依托单位 批准金额 项目起止年月 H1624 基于血浆miRNA的骨肉瘤循环肿瘤细胞的检测及以其为靶标的骨肉瘤治疗新策略 中山大学 23 2012-01至2014-12 项目批准号/ 申请代码1 项目名称 依托单位 批准金额 项目起止年月 H1618 胶质瘤中AKT/β-catenin信号转导通路转录调控miR-21的新机制 天津医科大学 32 2010-01至2012-12 项目操作流程 step1 step2 step3 step4 step5 客户提供关键词 如:mir12,肝癌 摘要收集 PubMed数据库收集成千上万篇相关摘要 提取信息 文献挖掘算法获取与关键词相关的基因,蛋白,小RNA等 数据修正 公司人工初筛 客户细筛 统计及生物学分析 统计检验 GO Pathway 网络分析 第 * 页 具体分析步骤 文档有哪些信誉好的足球投注网站 设计关键词,收集相关文献摘要,保存成XML格式 用相关软件进行基因描述定位 解释“STAT3/5 gene”成STAT3 gene和S

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