[农学]DNA与蛋白质序列分析.ppt

Question 2: 什么是HMM？ 如何进行基因结构的预测？ Promoter的位置在哪里? 什么是TSS, 为什么要预测TSS?预测TSS有哪些方法? 第2节 Blast的应用 主要的blast程序 /Blast.cgi 具体步骤 1.登陆blast主页 /BLAST/ 2.根据数据类型，选择合适的程序 3.填写表单信息 4.提交任务 5.查看和分析结果 Part2. 酶切位点分析 只要进行基因工程利用必须用到各种限制性内切酶 如 GGATCC BamHI 练习: (1) 查找序列:AY900120 (2) 请用两种方法分析该基因可能的TSS? 给出从TSS开始10bp的序列.(提示：首先有哪些信誉好的足球投注网站基因组数据库，获得包括该基因第一个外显子之前3000bp和该基因的基因组序列；然后进行预测：方法1：有哪些信誉好的足球投注网站dbEST数据库；方法2：用softberry的FGENESH进行预测TSS；) (3) 根据（2）的结果请列出该基因的启动子序列; (4) 根据（2）的结果请画出该基因的基因结构图（包括外显子和内含子的排列和长度）; (5) 请预测AF486280基因编码产物的分子量和等电点(可以采用BioXM软件); (6) 请对AF486280基因序列进行限制性酶切位点分析,分析序列中是否存在HindIII和SacI酶切位点?(可以采用BioXM软件) (7) 请分析AF486280基因编码产物的亚细胞定位情况; (8) 请分析AF486280基因编码产物的功能域(domain); (9) 请分析AF486280基因编码产物序列中有哪些重要的motif? 练习: (5) 请预测AY900120基因编码产物的分子量和等电点(可以采用BioXM软件); (6) 请对AY900120基因序列进行限制性酶切位点分析,分析序列中是否存在HindIII和SacI酶切位点?(可以采用BioXM软件) (7) 请分析AY900120基因编码产物的功能域(domain); 2)启动子序列分析: 所以，我们必须得到TSS的位置. 如何通过生物信息学方法确定TSS? 首先截取包括ATG之前3000bp和基因的序列采用以下两种方法 1)软件预测,如Softberry; 2)有哪些信誉好的足球投注网站EST数据库; 分析的目的: 2)首先找到ATG前面约3000: 如何通过生物信息学方法确定TSS? 以AF486280为例. 首先要找到包含AF486280的基因组序列. 2)首先截取ATG之前3000bp序列 以AF486280为例. 首先要找到包含AF486280的基因组序列. 方法一: 用softberry预测. 方法二: 用Fruitfly网站的promoter预测程序预测. * * 生物信息学 Bioinformatics 第四章 DNA与蛋白质序列分析 第一节 序列比对 第二节 Blast应用 第三节 序列功能分析 Question1: 1. 我刚刚分离一个水稻基因片段序列，大概250bp，我想初步分析一下它是什么基因，编码什么产物以及是否已经被别人克隆，应该采用什么工具和数据库？ Blastn B.Blastp C.tblastn, D.tblastx, E. blastx F. nr G. EST H. nr/nt 核酸序列翻译成蛋白质序列，再和核酸数据库中的核酸序列翻译成的蛋白质序列逐一进行比对。 核酸 核酸 TBlastx 蛋白质序列和核酸数据库中的核酸序列翻译后的蛋白质序列逐一比对。 核酸 蛋白质 Tblastn 核酸序列翻译成蛋白质序列后和蛋白质数据库中的序列逐一有哪些信誉好的足球投注网站。 蛋白质 核酸 Blastx 蛋白质序列有哪些信誉好的足球投注网站逐一蛋白质数据库中的序列 蛋白质 蛋白质 Blastp 核酸序列有哪些信誉好的足球投注网站逐一核酸数据库中的序列 核酸 核酸 Blastn 有哪些信誉好的足球投注网站方法 数据库 查询序列 程序名 序列组成/分子量/等电点---初级分析 酶切位点分析(载体构建) 基因结构分析/启动子序列分析 第3节 序列功能分析的内容 Part 1. 初级序列分析 序列的组成/分子量/等电点分析 / 点击“BioXM version 2.6 ” 点击“运行”进行安装 序列组成分析 序列组成分析 序列组成分析 A/G/C/T的组成，尤其是G+C含量的预测（进化？探针设计？） 蛋白分子量和等电点 蛋白分子量和等电点 蛋白分子量和等电点 蛋白质分子量/等电点预测 online Compute pI/MW /tools/pi_tool.html Part 3. 基因结构分析/启动子序列分析