中文使用手册-生物软件网.PDF

来自生物软件网 谢谢 jerry(xujz602@)和 Huang(candycat719@)辛苦 的翻译工作 翻译说明 1 原英文稿中附有许多示例 如输出窗口 序列等 译文一般用 参见英文稿 表示在 阅读此段时请参见英文中的图示 对于一些较小的示例 如等式的推导 译文中保留 2 原英文稿中也给出了许多算法和程序的原始文献和网址 译者认为这是 BioEdit 的一个 优点 如果想深入的学习不能不读一读原始的文献 译文中用 REFERENCE 表示请 参考英文原稿 3 译文中对专业的词汇采用以下办法处理 即一般采用国内已有人使用的译法 如果未见 到则译者给出一种译法并在旁边列出英文 译文中各节的标题都是这样处理的 前者 如最简单的例子 Aligment 一词有 比对 对比 对排 等多种翻译 郝柏林 院士建议译做 联配 见 生物信息学手册 p175 方舟子译做 排列对比 见 新语丝 网页 本译文采用 联配 的译法 后者如 mask 一词 文中专门有一 节解释其含义 此词的普通含义有 面具 遮饰 译文中使用 屏蔽 并在旁边写 mask 总之 此类词汇使用多了 自然明了其内在的含义 4 偶尔译者会对某处略做解释 旁边用 译者注 表示 表示译者的理解 请注意 5 翻译时在词汇的翻译和算法的理解上参考了以下资料 A 生物信息学手册 郝柏林等著 上海科学技术出版社 2000 年 B 生物信息学 基因和蛋白质分析的实用指南 Andreas D.Baxebanis 等原著 李衍达等译 清华大学出版社 2000 年 6 由于译者占有的资料不多 水平有限 在译文中肯定有漏译 译的不全面甚至理解完 全错误的地方(尤其是算法上) 敬请指正 Email me at: xujz602@ 关于 BioEdit 介绍 BioEdit 版本 5.0.6 版权©1997-2001 汤姆 霍尔 当前版本制作于2001.12.2 BioEdit是一个生物序列编辑器 可在Windows 95/98/NT/2000 中运行 它的基本功能是提 供蛋白质 核酸序列的编辑 排列 处理和分析 1.0α版本是最早的 未完成的并有瑕疵的 版本 1.0α 版本也一直未完成 并有很多问题 但是比较前一个还是增加了一点东西 修 正了一些问题 在2.0版本中 在增加和配置附加分析应用程序上增加了一个界面 使其能 通过BioEdit得到一个图形界面 而且 还增加了位置排列的信息基础动态描影 版本3中增加了疏水 亲水面 互交的2-D浮雕数据绘图和一些更多的序列操作法 版本4为 绘制和注解质粒载体增加了一个图形界面 在4.7.1版本中 修改了处理序列信息和存储方 法 而且增加了一个二进制文件格式 允许快速保存和打开大的排列 序列容量增加到 20,000 在版本5中 增加了自动注解序列或手动使用所有的标准Genbank功能部件定义 而且 在Isis Pharmaceuticals公司的请求下 增加了序列排序和分型 组控制 注解行 以及残基和非残基字符的鉴别 BioEdit并不打算成为一个强序列分析程序 但是打算成为 一个序列分析的友好用户界面 并连接其他在局域网和万维网上的更多的序列分析程序 它 现在使用于大的排列 2000序列 文件界面最初模仿于一个非常好的程序――Don Gilbert