实验一 分子生物学文献的查找.doc

实验一　分子生物学文献的查找 一实验目的 1．了解NCBI、EMBL、SWISS-PROT、PDB数据库的结构。 2．了解NCBI、EMBL数据库检索系统ENTREZ、SRS的操作方法，掌握文献、序列的快速高效检索方法 3．熟悉GenBank数据库序列格式及其主要字段的含义； 4．了解EBML数据库序列格式及其主要字段的含义； 5．熟悉GenBank数据库序列格式的FASTA序列格式显示与保存； 二实验内容及操作步骤 1登陆NCBI、EMBL、SWISS-PROT、PDB数据库主页，打开数据库的SITE MAP页面，了解各数据库的结构。 网址NCBI： EMBL:www.ebi.ac.uk SWISS-PROT: /sprot/ PDB: /pdb/ 2．使用Entrez信息查询系统检索与Xanthomonas axonopodis pv. citri）相关的文献，感兴趣文。 2.1调用Internet浏览器并在其地址栏输入Entrez网址(/Entrez)进入NCBI主页进入Entrez Home页面选择pubmed文献数据库在Search后的输入栏中选择Pubmed在输入栏内输入关键词Xanthomonas axonopodis pv. citri点击go查询。统计查询结果，并阅读感兴趣文献的摘要或全文。 练习使用AND OR BUT逻辑词来限定关键词，如Xanthomonas axonopodis pv. citri AND 等查询的相关记录，比较查询结果。 2.2 学习使用limits等限制字段查询方式，检索与Xanthomonas axonopodis pv. citri相关的文献，并统计检索结果。比较不同检索方式的查询效率。 2.2.1进入Entrez Home页面选择Pubmed文献数据库点击limits，进入与Pubmed有关的限制字段设置如选择Title等不同字段，及限制期刊类型，作者等进行查询。 2.2.2 Preview（有哪些信誉好的足球投注网站结果预览）/Index（索引词表检索）的应用。所谓的索引词表检索是当你选定查询字段并键入检索词如Xanthomonas axonopodis pv. citri时点击Index这时返回一个在该字段中的以“Xanthomonas axonopodis pv. citri”开始的索引词表窗口，后面括弧中的数字代表包含该索引词的记录条数选择一个或几个关键词，点击Preview可进行结果的预览点击Go可获得查询结果。 2.2.3 点击History，可以看到该次练习结果页面的历史记录。包括所采用的主题词、查询字段范围、花费时间、及相应结果等。 3.使用Entrez信息查询系统检索与相关的核酸序列，链接提取其中一条感兴趣的序列内容，阅读序列格式的解释，理解其含义。 进入NCBI主页进入Entrez Home页面选择Nucleotide数据库在Search后的输入栏中选择Nucleotide在输入栏内输入关键词LexA 点击go查询。 阅读查询结果，选择一条感兴趣的核酸序列，点击该序列与数据库的超链接，阅读序列格式的解释，理解其含义。 4.GenBank数据库序列格式的FASTA序列格式显示与保存； 以步骤3所获得的感兴趣核酸序列结果页面为例，在显示模式“Display”的下拉菜单中选择一个需要的序列格式如FASTA序列格式，然后点击Display按钮，结果就出现该序列的FASTA格式。 如果需要保存该条序列信息，可以直接通过点击浏览器IE的“文件”菜单中的另存为命令将序列保存到本地计算机；也可以利用Entrez系统自身的保存功能，即点击Send to，选择File,就会出现保存文件相应的窗口，然后按指示操作即可。 5．使用SRS信息查询系统检索在Entrez中查询的同一条核酸序列，连接提取该序列内容，阅读序列格式的解释，理解其含义；比较NCBI与EMBL中序列格式的异同。 调用Internet浏览器并在其地址栏输入SRS网址（www.srs.ebi.ac.uk），查询在Entrez中所查询核酸序列。三作业 1、简要描述NCBI、EMBL和SWISS-PROT数据库的结构。 2、仔细阅读所查询核酸序列在NCBI和EMBL数据库中格式的解释，理解并记录其含义。 3、将GenBank数据库中该查询序列以FASTA序列格式显示并保存。 4、比较NCBI与EMBL中序列格式的异同。