[医学]第四章 bioedit多序列比较的实际应用.ppt

第四章 多序列比较的实际应用 与上一章的关系 1、对数据库比较，比较结果未知； 2、比较后寻找到一组相似序列； 3、构建进化树 ?第一节渐进比较方法 然后进入http://www.ebi.ac.uk/clustalw/ 站点，将需要比较的序列输入工具程序中 ，在图4.1中的“序列输入窗口”输入或粘贴需要比较的序列，也可以在“文件输入窗口”将含有需要比较序列的文件名输入Clustalw运行程序中，进行多序列比较。 第二节 基序和模式比较 2.BLOCKS BLOCKS数据库利用了模块的概念，对蛋白质家族进行鉴定，而不是只依赖于单个的序列本身。模块的思想来源于更加普遍的概念—基序（motif），基序通常是指一段氨基酸序列保守的伸展，拥有一定的蛋白质功能或者结构。当这些来源于同一家族中的蛋白质中的基序比较时（不引入空位），其结果就是部件；部件就是指比较，而不是序列本身。很明显，任何一个独立的蛋白都可以包含一个或者更多个部件，对应于它的每一个功能和结构基序。 BLOCKS数据库本身来源于PROSITE的条目。当使用一个感兴趣的序列进行BLOCKS有哪些信誉好的足球投注网站时，查询序列就会同数据库中所有的部件在任何可能的位点进行比较，对于每一个比较都会使用位点特异分值矩阵或者PSSM进行打分。PSSM和这本书前面叙述的分值矩阵（例如BLOSUM62）的重大区别在于，其分值考虑到了在给定的位点是否拥有一个匹配以及一个给定氨基酸占据部件中的位点的可能性。所有基于这种形式的方法的核心思想都是观测残基占据比较蛋白质部件中的一个特异位点的几率， BLOCKS（/blocks/blocks_search.html）有哪些信誉好的足球投注网站可以通过访问西雅图的Fred Hutchinson肿瘤研究中心的BLOCKS主页完成，这个网点很直接，允许执行基于序列或者关键词的检索。如果用户在输入时使用了DNA序列，他就可以指明使用哪个遗传密码，有哪些信誉好的足球投注网站哪条链。不管执行有哪些信誉好的足球投注网站的是一个序列还是一个关键词，成功的有哪些信誉好的足球投注网站将会返回相应的部件，图4.8显示了一个例子。 很明显，用两种方法分别得到的比较结果并不完全一样。这并不以为这一种方法比另外一种方法优越，根据实际情况，从输入序列的性质出发，应用不同的方法会得到不同程度的成功。用户应该选择若干个工具同时使用，并且对最终的比较结果作手工修正以期达到最佳效果。 上述的方法对于多序列比较是非常有用的，缺点是用户必须事先搜集好需要比较的输入序列，要么通过一系列的BLAST或其它的数据库有哪些信誉好的足球投注网站，要么在实验室里直接作出决定。但是，在实际工作中我们常常可以获取一个单独的序列，并且基于此序列中的任何基序或模式，针对所有的蛋白质家族，完成某个特异方法所定义的最佳比较。很多时候，这些方法所揭示的距离关系并不能从标准的数据库有哪些信誉好的足球投注网站中轻易获取。在这一部分，我们讨论两种方法，都是有哪些信誉好的足球投注网站特殊数据库以获取序列的基序和模式的，当然也是两种从最少的序列信息中进行蛋白质家族分类的强有力的方法。 1、ProfileScan 基于经典的模式分析的Gribskov方法,ProfileScan使用一种称为pfscan的方法寻找一个蛋白质或核酸的查询序列同一个模式库的相似性,因此,在有哪些信誉好的足球投注网站中需要有模式库 第一个是PROSITE（http://www.expasy.ch/prosite/），一个ExPASy（http：//www.E）数据库，通过使用基序和序列模式（诸如指纹）将生物学意义重大的位点收集分类； 第二个是Pfam（http://www.sanger.ac.uk/Software/Pfam/search.shtml） ,收集了蛋白质结构域家族，与其它收集方法有很大不同的是，最初的蛋白质结构域的比较完全是用手工完成的，而不是依靠自动化的处理方法，正因为这样，Pfam几年前,只拥有500多条款目，但这些款目的质量极好。现在拥有 8957条目. 基于PROSITE和Pfam的有哪些信誉好的足球投注网站可以通过访问ProfileScan的主页完成，它只需要一条简单的输入序列（用文本格式），或者一个标号，比如一个SWISS-PROT ID。用户可以选择有哪些信誉好的足球投注网站的敏感度，选择返回显著的匹配或者所有匹配，甚至包括边界的情况。 为了说明输出的格式，我们现在向PROSITE系统提交人类matrix metalloproteinase 9 preproprotein [Homo sapiens]蛋白序列。返回的PROSITE条目显示蛋白的功能区，数字“Start”和“End”是显示出查询序列和匹配的模式重叠的位点, Bits是序列比较可靠性评分，Evalue是序列比较错误概率。 * * 多序列比较就是把两条以上可能有系统进化关系的序列进行比较的方法。目前对多序列比较的研究还在不断前进中，现有的大多数算法都基于渐进比较的思想，在