[医药卫生]医学专业 生物信息学第5章.ppt

2. Fu和Li的D检验与Fay和Wu的H检验 Fu和Li区分了内部突变和外部突变，即分别在系谱树内枝或外枝上发生的突变。 Fay和Wu提出了一种类似的主意并构建了θ的估计值 3. McDonald-Kreitman检验和选择强度估计 McDonald和Kreitman检验所依思想采用了所谓的泊松随机场（Poisson random field）理论，已被扩展到估计度量自然选择强度的参数中。 - 果蝇 Adh 基因中存在沉默突变、置换突变以及多态性位点个数（数据来自 McDonald and Kreitman ， 1991 ） 变化类型 固定差异 多态性 置换（非同义） 7 2 沉默（同义） 17 42 4. Hudson-Kreitman-Aquade检验 Hudson-Kreitman-Aquade检验（即HKA检验），对种内多态性和种间分歧是同一过程的两个阶段这一中性预测进行了检验。 （二）适应性进化的基因 大多数正选择基因可分为以下3类。 第一类包括针对病毒、细菌、真菌和寄生虫攻击的防御机制或免疫作用中的宿主基因，以及与破坏宿主防御机制有关的病毒或病原基因。 第二类主要包括与生殖有关的蛋白质或信息素。 第三类正选择基因与上述两类有所重叠，包括基因重复后获得新功能的基因。 第四节 分子进化与比较基因组学 一、基因组进化概述 基因组学（genomics）是一门只有10多年历史的新兴学科，发展极为迅速，并产生了许多分支学科。 利用基因组学研究的方法和成果来研究生物进化，也就是进化基因组学（evolutionary genomics）所要研究的问题，并且越来越受到进化生物学研究者的关注。 （一）基因组测序计划 （二）进化基因组学 对不同生物基因组结构的异同及其特点进行比较，除了在功能基因组学的研究上很有意义外，还有可能在一定程度上了解基因组的进化，特别基因组的结构特征与生物复杂性的关系。 为了了解基因组及其发展变化的本质，当然还要研究与生命起源有关的最原始的基因和基因组的起源，以及其后的进化模式与过程。这样，我们就有可能在分子水平上认识生物进化的分段是途径。 二、病毒基因组分析 （一）病毒基因组分析 病毒受自身突变和自然选择的影响，但病毒基因组的进化速度远远超过其他细胞的基因组。 （二）运用生物信息学方法研究SARS 由一个典型的冠状病毒结构，按照一定的顺序排列5个或者6个基因。 SARS流行发生重构 SARS 病毒发生时间及地点调查表 Table Name, location, and sampling date of SA RS virus isolates used in our case study Name of isolate Acc.number Date Location GZ01 ZS - A ZS - C GZ - B HZS - 2A GZ - 50 CUHK - W1 Urbani Tor 2 Sin2500 TW1 CUHK - AG01 Palm civet AY278489 AY394997 AY395004 AY394978 AY394983 AY304495 AY278554 AY2 78741 AY274119 AY283794 AY291451 AY345986 AY627048 DEC - 1 2 - 2002 DEC - 2 2 - 2002 JAN - 04 - 2003 JAN - 24 - 2003 JAN - 31 - 2003 FEB - 18 - 2002 FEB - 21 - 2003 FEB - 2 2 - 2003 FEB - 27 - 2003 MAR - 01 - 2003 MAR - 08 - 2003 MAR - 19 - 2003 Guangzhou (Guangdong) Zhongshan (Guangdong ) Zhongshan (Guangdong) Guangzhou (Guangdong) Guangzhou Hospital Guangzho