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ChIP-on-chip ChIP Labeling pool of DNA fragments. Hybridization of DNA onto microarrays featuring 60-mer oligonucleotide probes. Major types of array platforms NimbleGen Arrays: tiling arrays, promoter arrays, whole genome arrays. (/products/chip/index.html) Agilent Arrays: promoter arrays, whole genome arrays. (/Scripts/Phome.asp) Affymetrix Arrays: tiling arrays, Chr21,22 arrays, whole genome arrays. (/index.affx) Measurement of intensity of probes on the array The hybridized arrays were scanned on an Axon GenePix 4000B scanner (Axon Instruments Inc.) at wavelengths of 532 nm for control (Cy3), and 635 nm (Cy5) for each experimental sample. Data points were extracted from the scanned images using the NimbleScan 2.0 program (NimbleGen Systems, Inc.). Each pair of N probe signals was normalized by converting into a scaled log ratio using the following formula: Si = Log2 (Cy5l(i) /Cy3(i)) Promoter 1 Promoter 2 Reproducibility of promoter arrays using biological replicates Top 1000 overlap Top 1000 overlap H3me3K27 500 kb region of chromosome 6 500 kb region of chromosome 1 Reproducibility on tiling arrays 尚永丰　博士 北京大学医学部基础医学院教授 长江学者特聘教授 中国科学院院士 1999年，美国宾夕法尼亚州立大学 ，博士。 1999年至2002，美国哈佛大学，博士后。 2000年6月至2001年10月，美国哈佛大学医学院，讲师。 2001年10月，美国约翰?霍普金斯大学医学院，助教授。 2002年4月，北京大学医学部生物化学与分子生物学系，教授， 博导，长江学者。 2009年12月，中国科学院院院士 尚永丰教授主要研究成就 　　 　　主要从事基因转录调控的表观遗传机制及性激素相关妇科肿瘤分子机理的研究。提出、验证并从分子机理上诠释了雌激素受体转录起始复合体在靶基因启动子上循环反复结合的假说以及雌激素受体所介导的基因转录具有“双相性”和“两维性”的特点，为基因转录调控的理论增添了新的内容；揭示了雌激素受体拮抗剂三苯氧胺诱发子宫内膜癌的分子机理，克隆了多个肿瘤相关基因，为肿瘤分子生物学的理论发展作出了贡献；揭示了组蛋白去乙酰化和组蛋白去甲基化在染色质重塑中协调作用的机理，对认识表观遗传调控的分子机制具有创新性的理论意义；在世界上首次建立了哺乳动物细胞染色质免疫沉淀技术（ChIP），为研究DNA与蛋白质的相互作用作出了重要贡献。在《Cell》、《Nature》和《Science》等杂志上发表了一系列的研究论文。 尚永丰教授获奖 　　 2002年“国家杰出青年基金”获得者，获2005年度“中国基础研究十大新闻”、2006年度“中国高等学校十大科技进展”等荣誉，并获2007年度“中华医学科技奖”一等奖、2007年度“教育部自然科学奖”一等奖和2008年度“国家自然科学奖”二等奖等奖励。尚永丰本人还获得第九届“中国青年科技奖”、2006年度美国ELI Lilly公司的“礼来科研成就奖”和2007年“何梁何利科学与技术进步奖”，还是2007年度全国百篇优秀博士学位论文博士生导师。 尚永丰教授主要学术兼职 2004年起担任《中国生物化学与分子生物学学报》副主编。 2007年被国