[理学]第4章 序列特征分析.ppt

第四节 序列综合分析 一、EMBOSS软件包 EMBOSS软件包是一个开源的序列分析软件包，该软件包源于1988年开始开发的EGCG系统，整合了目前可以获得的大部分序列分析软件，并有一套专门设计的C语言库函数。该软件包含160多个小型程序，能够完成自动识别处理不同格式存储的数据，可以通过互联网提取数据，能很好地进行序列模体（motif）、关键词同源性数据库有哪些信誉好的足球投注网站，进行序列比较、进化分析、序列两级结构分析、限制性酶切图谱分析、引物设计、序列模式识别与翻译、片段拼接等工作。EMBOSS遵照GPL协议，打破了商业软件包发展的传统模式，使科研工作者在自由、免费的软件世界享受功能强大的分析工具。 EMBOSS的主页网址为：/ EMBOSS—European Molecular Biology Open Software Suite EMBOSS的运行环境 EMBOSS软件包主要运行于linux操作系统和Mac操作系统。现在基于Windows操作系统的EMBOSS也是能自由免费使用的。需要说明的是基于windows操作系统时，主要采用staden进入EMBOSS ，在使用的同时，需要安装Embosswin软件。 Embosswin的下载网址是： /pub/EMBOSS/wEMBOSS Explorerindows/ JEMBOSS 使用界面 二、DNAstar软件包 DNAstar软件包可在计算机上进行DNA和蛋白序列分析，可进行分子生物学中的小规模序列分析和多序列比对。DNAstar软件包有PC Windows和Macintosh两种版本，它的一个主要功能是有7种程序可以针对不同的应用，用户可根据自己的需要进行选择。 有关DNAstar软件包更详细的信息查询网站： DNAstar的安装环境 该软件包可以在苹果机（Macintosh）上和在PC机（Windows）上安装和升级。建议至少30Mb的硬盘，32Mb的RAM。 三、Omiga 2.0软件包 Omiga2.0是一款强大的蛋白质、核酸分析软件，可以实现对核酸序列和蛋白序列分析的大部分功能，同时它还兼有引物设计的功能。 Omiga2.0的主要功能 实现核酸序列与其互补链之间的转化，序列的拷 贝、删除、粘贴、置换以及转化为RNA链，以不同的读码框、遗传密码标准翻译成蛋白质序列。 2. 查找核酸限制性酶切位点、序列模式及开放阅读框，设计并评估PCR、测序引物。 3. 查找蛋白质的水解蛋白位点（Proteolytic Sites）、序列模式、二级结构等。查寻结果可以以图谱及表格的显示，表格设有多种显示形式。 四、Vector NTI软件包 Vector NTI是由Informax公司开发的一种高度集成、功能齐全的分子生物学应用软件，可以对DNA、蛋白质分子进行分析和操作。 有关Vector NTI更多的信息可以登录Vector NTI的官方网查询： / Vector NTI主要功能 DNA序列的开放阅读框、序列模式、功能区有哪些信誉好的足球投注网站、限制酶图谱、蛋白质翻译。 PCR引物、测序引物、杂交探针的设计和评价。 DNA测序片断的拼接。 4. 同源比较和系统发育树构建。 5. 蛋白质结构预测 三维结构、化学键、翻译后修饰位点、结构域等。 6. 模拟电泳 琼脂糖电泳、PAGE。 The end 用PromoterScan预测AC002390序列的启动子区域的结果 五、密码子偏好性 密码子使用偏性是指生物体中编码同一种氨基酸的同义密码子的非均匀使用现象。这一现象的产生与诸多因素有关，如基因的表达水平、翻译起始效应、基因的碱基组分、G+C含量、基因的长度、tRNA的丰度、蛋白质的结构及密码子一反密码子间结合能的大小等。所以对密码子使用偏好性的分析具有重要的生物学意义。 利用CodonW分析密码子偏好性 CodonW是美国DEC公司开发的对密码子的使用进行分析的免费的软件工具。此软件是建立在大量的统计学分析的基础上，为了简化在线分析的复杂性而开发的，它可以在Windows环境下运行，并且可以同时处理2000条以上的序列。通过对DNA或RNA序列的分析，CodonW会产生关于密码子使用的相关指标的统计学分析的数据，我们可以利用这些数据对我们所要了解的序列进行分析。 其下载网址为：ftp://molbiol.ox.ac.uk/cu/codonW.tar.Z。 CodonW1.4主菜单的操作页面 密码子使用偏好的11个指标 序