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[生物学]第二代测序数据分析原理
问题出发;第二代测序数据分析原理;三代DNA测序技术之比较;第一代测序技术： Sanger测序法 ——简便、快速;逐渐被遗忘的测序技术： Maxam-Gilbert的 DNA化学降解法 ;Sanger测序的局限;概要;第二代测序技术; 454; SOLID; Illumina ;其他;;第二代测序技术的共同点;第二代测序技术的局限;第三代测序技术：单分子测序;;直接测序法;;;Second generation sequence;Experiments;;Sequencing Glossary;;;; 全基因组de nove分析工具;分析所需工具;外显子组分析工具;;常规分析;;;;UniGene拼接;;3. 数据库注释;;UniGene表达分析;;;;UniGene表达差异分析;组间差异基因上调与下调个数统计，可以通过此图观察上调与下调的一个总体趋势;差异基因火山图，可以观察到差异基因总体分布;GO功能分类 ;;;;;KEGG代谢通路分析;;IPA pathway analysis (/);COG注释;;SSR重复序列注释;LncRNA预测;;RSAM‐01：模式动植物基因组数据和注释信息整合;;RSAM‐07：可变剪接分析;RSAM‐08：转录起始位点（TSS）分析;;RSAM‐09. 融合基因的发现（Fusion gene Discovery）;;RSAM‐10. 非长编码RNA 与多外显子反义转录本的识别;RSAM‐11. 结构变异SNV 识别与计算;;按照研究需求选择
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