基因组数据库GenomeDatabase使用指引.pdf

基因组数据库 Genome Database使用指南 一 数据库简介 GDB(Genome Database) 1990年初建于美国霍普金斯大学 是一个专门汇集存储人类基 因组数据的数据库 其中包括了全球范围内致力于人类 DNA结构和 100000种人类基因 序列研究的分析成果 对从事相关领域的研究人员具有重要的参考作用 目前 Genome Database包括以下内容 1.人类基因组:包括基因 克隆 断裂点 细胞遗传标记物 易断位点 重复片段 2.人类基因组示意图: 包括细胞遗传图 关联图 辐射杂交图 综合图等 3.人类基因组内的变异: 包括基因突变和基因多态性 还有等位基因发生频次等数据 资料 GDB具有以下特点 1 1998年底GDB主节点移至加拿大多伦多儿童医院生物信息超级计算中心 BiSC GDB的审读和维护仍在美国霍普金斯大学 JHU 全世界有十多处 GDB镜像点 中国镜像 点在北大生物信息中心 2 GDB收录年代为 1990年到现在 实时更新 用户在使用中可以将新数据进行注册 上传 3 GDB数据库由三大库构成 人类基因组 引文及注册 专业性极强 并有许多超 链接 直接点击后即可进入相应界面查找相关资料 自由度很高 读者遨游其中 受益无 穷 4GDB数据库是一种面向对象的事实型数据库 检索入口地址为 /gdb/ /gdb /国际网 二 数据库操作指南 一 检索方式 1 简单检索 SimpleSearch 在浏览器地址栏中输入 GDB网址 出现 GDB主页 homepage的简单检索界面 此 界面为用户提供了 4 种选择范围:基因片段(Genomic Segments) 所有生物学资料(All Biological Data) 人(People)及引文(Citations)和三种检索途径:基因名(Name/GDB ID) 关键词(Keyword) DNA序列存取号(DNA Sequence ID) 在文本框中输入检索词 选择要 检索的范围及途径 点击 submit按钮 执行检索 图 1 2 高级检索 Other Search Options 进入检索界面的方法:在 GDB主页点击 Other Search Options 或者直接输入网址 /gdb/advanced search.html /gdb/advanced search.htl 可进入高级检索界面 1 此界面提供四大类约 10多种检索选项(图2)每个选项条目均是超文本链接 直接 点击即可进入相应的检索页面 它支持更复杂的逻辑运算 检索功能更强大 结合键盘 鼠标及下拉菜单的控制 便于更精确 更精细的检索提问 非常直观 但使用也较复杂 每个检索页面有在线帮助 简单分述如下 1 特定检索 Customized Search Forms 分为基因标记 基因图 基因名及符号检 索 图 3 2 序列检索 Sequence-Based Search Forms利用 基本局域联配搜寻工具 BLAST 进行蛋白质序列 核苷酸序列的类比与检索 3 分类检索(Generic Search Forms)分为 PCR扩增引物 基因 基因图 克隆 杂 志论文及其它 4 浏览选项 Browsing Options:提供染色体遗传性疾病列表 染色体序号列表及基 因名称的字顺列表 输入检 选择检索 索式 途径 提交检