测定多肽链数目(末端分析).ppt

Sequencing of protein p42 测定多肽链数目（末端分析） 断裂二硫键 测定氨基酸组成 拆分多肽链(2种或2种以上水解方法) 测定各个肽段的氨基酸顺序 确定肽段在多肽链中的顺序 确定二硫键和酰氨基的位置 Techniques of protein structure analysis x-射线晶体衍射 电子密度图 晶体 同步辐射机制 核磁共振光谱法(NMR) 自旋状态 溶液 多维NMR光谱技术 Primary structure 一级结构 Secondary structure 二级结构 Tertiary structure 三级结构 Quaternary structure 四级结构 Primary structure 蛋白质的一级结构(Primary structure)包括组成蛋白质的多肽链数目. 多肽链的氨基酸顺序， 以及多肽链内或链间二硫键的数目和位置。 其中最重要的是多肽链的氨基酸顺序，它是蛋白质生物功能的基础。 GSH Peptide Existance: GSH, GSSG Functions: 保护作用 维持2价铁离子还原态 Aa跨膜运输 电子传递 Peptide Hormone 催产素 加压素 舒缓激素 脑啡肽 Bacteriophage 短杆菌肽S 短杆菌肽A Three dimensional structure 蛋白质的二级(Secondary)结构是指肽链的主链在空间的排列,或规则的几何走向、旋转及折叠。它只涉及肽链主链的构象及链内或链间形成的氢键。 主要有?-螺旋、?-折叠、?-转角。 Alpha helix ?-折叠是由两条或多条几乎完全伸展的肽链平行排列，通过链间的氢键交联而形成的。肽链的主链呈锯齿桩折叠构象 在?-折叠中，?-碳原子总是处于折叠的角上，氨基酸的R基团处于折叠的棱角上并与棱角垂直，两个氨基酸之间的轴心距为0.35nm； ?-turn Many regions of secondary structure are connected by b turns 通常连接二级结构 在?-转角部分，由四个氨基酸残基组成; 弯曲处的第一个氨基酸残基的 -C=O 和第四个残基的 –N-H 之间形成氢键，形成一个不很稳定的环状结构。 这类结构主要存在于球状蛋白分子中。 Omega structure 6-16Aa Position: surface of protein Take part in cell recognition Out-of - order structure Side chain of lys N- or C- terminal Supersecondary structure p71 Tertiary (3o) structure of proteins Tertiary (3o) structure of proteins In general: Nonpolar amino acids are in the interior. Val, Leu, Ile, Met, Phe Charged amino acids are on the surface. Arg, Lys, His, Asp, Glu Uncharged polar amino acids are on the surface or in the interior. Ser, Thr, Asn, Gln, Tyr, Trp A.三级结构中的作用力 包括二硫键、氢键、盐键、疏水作用力、范德华力 氢键-侧链间形成 范德华力（分子间作用力，受彼此距离影响） 疏水键 -“非极性基团被极性水分子排挤相互聚拢”作用力。 Domain structure of proteins Large proteins of 200 amino acids often form domains. 大蛋白易于形成相对独立的三维实体 Domains often have a specific function, such as substrate binding or protein-protein interaction For example, the small domain of HMG-CoA reductase binds the cofactor NAD(P)H. Domain structure of proteins 蛋白质的四级结构(Quaternary Structure)是指由多条各自具有一、二、三级结构的肽链通过非共价键连接起来的结构形式；各个亚基在这些蛋白质中的空间排列方式及亚基之间的相互作用关系。 这种蛋白质分子中，最小的单