NCBI数据库检索PPT.ppt

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NCBI数据库检索PPT

NCBI数据库检索;NCBI简介;;;;NCBI数据库;一. Nucleotide(GenBank);二 . Genome;三. Structures ; 四. Taxonomy;五. PopSet ;六. OMIM;PubMed数据库检索;一、PubMed数据库简介;PubMed;期刊来源地理分布;;4,400 Employees ;二、通过PubMed可检索 到如下的信息 ;MEDLINE;PreMedline:收集未正式给予MeSH词、出版类型等深度标引信息的一个临时库。NLM每天把必威体育精装版记录加入到PreMedline库中,每条记录均带有[PubMed--in Process]标志。工作人员在一周内将这些记录标引,然后转入MEDLINE,同时从PreMedline中删去。;Pre-Medline;出版商提供的书目信息:出版商提供的是整本期刊的信息,若有部分没有被MEDLINE收录,PubMed仍保存,在记录中做[PubMed--as supplied by publisher]的标记。;图1;;PubMed页面的结构 ;;;;三、PubMed页面的结构 ;;;三、PubMed页面的结构 ;Related Resources : MeSH Database-主题词数据库 Journal Database-杂志数据库 Clinical Trials-对公众提供临床科研的当前信息 PubMed Tools: Citation Matcher-引文匹配器 在表格输入刊物的引文信息来定位特定文章。 Clinical Queries-与临床相关的疗法,诊断,病因,预后咨询。;1、词语检索及自动词语匹配;四、PubMed的基本检索功能(二);四、PubMed的基本检索功能(三);;四、PubMed的基本检索功能(四);四、PubMed的基本检索功能(五);;;;text1;;Abstract——出处、记录状态、文章题目、作者姓名、 作者单位、文摘、出版物类型、缩写、注释、PMID等。;;;;链接(Links) 链接外部资源——LinkOut LinkOut 是链接到本站点外部信息的出口。可以与出版商、信息集成者、图书馆、生物学数据库、序列中心等链接来获取更多的相关信息。 链接带星号的LinkOut 是表明提供者需要订阅、会员资格或需要交费进入。 链接相关图书——Books 为帮助用户解决对检索结果中不熟悉的要领提供背景资料;文摘中的期刊图标链接;Linkout链接;;GenBank数据库检索;三大基因数据库;GenBank;在线获取序列( entrez)方法1;;;;;;;;;;;GenBank数据格式;;;;;;举例:序列数据的查询;;问 题:;NCBI: BLAST;nucleotide blast;Megablast: 找基因序列;提交序列;NM_001168.2:Survivin;Survivin;Gene info: 17号染色体;功能注释:Gene Ontology;结论1;NM_001168.2:Survivin;Human Survivin!;获取蛋白质的序列信息;Survivin:142aa;结 论2;获取FASTA序列;FASTA格式的序列;PHI-BLAST: find domain;填入蛋白质的FASTA序列;BIR domain;结 论3;UniProt: 蛋白质数据库;;在人中做BLAST有哪些信誉好的足球投注网站;Survivin:O15392;Survivin的蛋白质信息;功能注释;结论4:功能分析;PDB:三级结构数据库;Survivin的三级结构信息;Raswin: 三级结构显示;Raswin: 三级结构显示;总 结;

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