RNA二级结构的分析PPT.ppt

RNA二级结构的分析 RNA是一条单链，X射线衍射已经证明，RNA的许多区域自身发生回折使许多配对的碱基相遇想形成茎环结构，不能配对的则形成突环结构，约40%-70%的核苷酸形成上述结构。所以RNA是含短的不完全的螺旋区多核苷酸链。 July 10, 2015 RNA二级结构的应用 判断生物系统发育关系 1 帮助设计siRNA 2 用于mRNA的表达研究 3 常见的一些RNA二级结构预测软件 RNA分析类             RNA draw 1.1 b2 RNA draw 1.1b2 RNA二级结构分析软件。 RNAstructure 5.6 Unix平台软件mfold的java版本。 RnaViz 2.0 界面友好的RNA二级结构图绘制程序。可生成发表质量的二级结构图，可显示一些特殊结构。 loopDloop 2.07b Java语言写成的绘制RNA二级结构的软件，需要安装JAVA虚拟机。 Circles 0.1.1 使用比较的方法分析RNA二级结构软件，并以标准格式输出预测的二级结构。 SStructView 1.2 用JAVA脚本语言写成的RNA二级结构显示软件。 Vienna RNA Package 2.1.6 维也纳大学RNA二级结构预测与比较软件包。 XRNA 1.2.0b 基于java的生成、显示、注释RNA二级结构的软件，可很容易地编辑、修改、生成发表质量的RNA二级结构图。 PseudoViewer 3.0 RNA二级结构显示软件。 OligoEngine 2.0 RNAi设计软件。 pknotsRG 1.3 预测RNA二级结构软件，包括pseudoknots（假扭结）结构。 RNAshapes 2.1.6 分析RNA二级结构软件。 一 RNAfold：打开服务器版本上的RNAfold web server 找到RNAfold web server July 10, 2015 July 10, 2015 输入FASTA格式的序列（可以点击this sample alignment.获得演示序列，也可以直接上传FASTA格式的序列） July 10, 2015 参数设置一项界面如下 默认输出RNA二级结构的最小自由能和partition function。如果对partition function不感兴趣可以选择只输出自由能。 No GU pairs at the end of helices： 指的是在二级结构的末尾是否允许GU配 对。因为GU配对不是特别稳定，特别情况下可能需要限制GU配对。 Avoid isolated base pairs：是否允许单碱基对的配对情况。因为单个的配对往往是不稳定的，因此在预测结果中需要避免出现单个的配对。 点击advance options July 10, 2015 Dangling end options：一般情况下使用默认。 Energy par.：预测RNA二级结构是使用的能量参数来源，一般默认。 Other par.：设置折叠温度，默认为37°。另外如果是环状RNA的话，需要选上assume RNA molecule to be circular 结构输出 July 10, 2015 所有参数设置完成后，点击Proceed。 RNA的结构以dot-bracket notation （括号和点）的形式显示，即 (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))). 可以点击you kan dowlond the minimum free energy structure in vienna Format ct Format 结果界面中会提供minimum free energy （MFE）prediction 和thermodynamic ensemble prediction两种预测结果。其中MFE用的是最小自由能的结果。而ensemble prediction指的是综合最小自由能结构和一系列次优自由能结构后得到的一个统一结构。一般情况下我们可以使用最小自由能结构。 结构界面上会显示预测的结构，并且以颜色标记。颜色越偏向红色，表明对应碱基处于配对的概率越大。 二 RNAalifold web server 基本原理和RNAfold server一致，但是RNAalifold server考虑的是多条比对好的序列，并预测这一组序列里保守二级结构（consensus secondary structure）。 输出clustal W或者FASTA格式的比对序列（也可以通过文件上传） July 10, 2015 参数设置类似RNAfold点击Proceed结构