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e.g. nucleus, ribosome;OBO - Open Biological Ontologies;GO term各字段的说明;Ontology Structure;Ontology Structure;GO Annotation;GO Annotation;Accessing annotations to the Gene Ontology
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Annotations – gene association file( /pub/go/gene-associations/ )
2. Web-based access
AmiGO
()
;Gene Association File;GO 分类统计;Map2slim.pl;gene_ontology.obo;Slim文件下载;GO Annotation Files;运行方法;;;BLAST2GO;Blast2GO的工作流程;富集分析和缺失分析;主要内容;KEGG Pathway(KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes);代谢分类(Metabolism);Pathway的各元素的连接;;磷酸化;基本流程;KEGG MAPPER;KAAS(KEGG Automatic Annotation Server);KEGG API;KEGG API应用准备之Perl篇;Quick Start;Pathway Mapping;主要内容;蛋白质相互作用;生物学背景知识;概念;蛋白质组相互作用数据库;数据库比较之数据量;数据标准 PSI-MI;PSI-MI的结构;HPRD (Human Protein Reference Database);数据检索(HPRD);;;DIP;;IntAct;;;提纲;蛋白质相互作用研究技术及方法 ;酵母双杂交系统;;;;软件列表;Cytoscape简介;菜单栏;
I.导入网络
Import → Network (multiple file types)
Import → Network from table(Text/MS Excel)
Import → Network web services
;2. Import → Network from table(Text/MS Excel);3. Import → Network from web services;Web service1: 利用IntAct服务器检索蛋白质互作网络;Web service2: 利用NCBI Entrez EUtilities服务器检索蛋白质互作网络;Web service3: 利用Pathway Commons服务器检索蛋白质互作网络;Web service4: 利用WIKIPathways 服务器检索蛋白质互作网络, ;II.导入网络属性;;1). Import-Node Attributes….
Import-Edge Attributes….
点击导入,找到属性文件的位置,即可导入,可在data panel中
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2).Import-Attribute from Table (text/MS Excel)...;;网络管理控制面板;Part1:Network;Part2:Vizmapper;Example3:Discrete Mapper;Part3:Editor;Part4:Filters;非常感谢!!
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