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系统生物学中蛋白质组学工作流程 的研究进展 陈立香 主要内容 一、基于蛋白质组学的非目标质谱法的进展 二、目标---驱动的定量蛋白质组学方法 三 、多级反应检测 (MRM)及其数据分析 四、结论 基于蛋白质组学的非目标质谱法 过去几年串联质谱法是在蛋白质组学研究中应用最普遍和最广泛的方法。在这个方法中, 复杂蛋白质混合物通常被胰蛋白酶消化成多肽, , 并且获得的肽可以被一维, 二维或三维分离及进行串联质谱分析。稳定的同位素标记被随机地引入蛋白质或肽中从而可以对样品准确的进行定量。过去几年随着技术的改进，提高了肽分离、数据搜集的速率及其准确性以及从片段离子光谱中推断肽和蛋白质序列芯片的准确性。图1 说明一般工作流和表明被描述进一步在以下部分的重大最近技术前进。 基于蛋白质组学的非目标质谱法工作流程及取得的进展 局限性 鸟枪MS/MS 数据库极其复杂 采样 抽样复杂性 饱和效应 目标---驱动的定量蛋白质组学 方法 人类基因组序列图谱及转录图谱促进了高通量化验分析方法在探针转录表达模型即蛋白质:DNA 相互作用和其它基因组性质的发展.类似的发展涌现在蛋白质组学中，收集的数以万计的数据库使得的蛋白质组图谱得到了极大的丰富。如同在基因组中,随着高生产量蛋白质分析的发展在这些图谱中通过利用靶向质谱分析法可以快速确定亚蛋白质组甚至是在整个蛋白质组及对其进行定量。目标—驱动途径中，质谱法被用来分析多肽的蛋白质类型, 那些多肽中可以用质谱仪在独特的蛋白中检测到，这样就极大的减少了在鸟枪蛋白质组学中产生的高冗余片段。随着仪器化和生物信息学及丰富可靠的蛋白质组学图谱譬如多肽谱的发展这种目标—驱动方法是完全可行的. 目标--驱动的定量蛋白质组学工作流程 驱动途径中蛋白质和肽选择方法 目标肽必须具备的条件 　　１．可以被优先检测出来 ２在一种蛋白质或同工型蛋白质中是唯一的, ３不包含可以容易地被修饰的氨基酸, 譬如氨基甲硫基丁酸。 　适当的目标肽的选择的过程在图3中被说明，在图3中，实验中用到所需确认的肽的及其根源蛋白质均被显示出。有二种方式去选择proteotypic肽, 即实验法和计算法。