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Genes 聚类 or tree Array 聚类 Zoomed 上机练习6：Cluster 谢谢！ * * /cgi-bin/wego/index.pl /cgi-bin/wego/index.pl 上传文件 level3 level2 Level1？ GO注释信息哪里来？ Blast2GO GOA网站：http://www.ebi.ac.uk/GOA/ 相应物种的基因组网站中一般有该物种的GO注释文件下载 google 有哪些信誉好的足球投注网站，输入关键词： “物种名 GO annotation”，找到GO注释的下载地址 上机练习5：WEGO 引物设计 BLAST GO分析（Blast2GO、WEGO） KEGG pathway分析(KAAS，KOBAS) 聚类分析（Cluster Treeview） 常用生物信息学软件及数据库使用方法 KEGG pathway分析 KEGG数据库简介 在线分析工具： Blast2GO KAAS KOBAS：/home.do KEGG数据库简介 KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) 京都基因与基因组百科全书是系统分析基因功能，联系基因组信息和功能信息的知识库。 1基因组信息存储在GENES数据库里，包括完整和部分测序的基因组序列； 2更高级的功能信息存储在PATHWAY数据库里，包括图解的细胞生化过程如代谢、膜转运、信号传递、细胞周期，还包括同系保守的子通路等信息。 http://www.genome.jp/kegg/kegg2.html query Blastx KEGG分析原理 在线分析工具： Blast2GO KAAS http://www.genome.jp/tools/kaas/ KOBAS query 邮箱必填 在线分析工具： Blast2GO KAAS KOBAS：/home.do query Database 引物设计 BLAST GO分析（Blast2GO、WEGO） KEGG pathway分析(KAAS，KOBAS) 聚类分析（Cluster Treeview） 常用生物信息学软件及数据库使用方法 聚类分析 聚类分析简介 按某种相似性标准将基因划为若干类（群），使同类基因具有高度同质性。 分析工具-本地软件：Cluster Treeview  S1 S2 S3 S4 分析工具 基因聚类分析是建立各种不同的数学模型，这些模型把基于相似数据特征的基因组合在一起。 聚类分析 在基因表达聚类中归为一个类的基因在功能上可能相似或存在关联，它们可能具有相同的调控元件或执行相似的功能，所以通过基因聚类分析可以考察未知基因的功能信息或已知基因的未知功能信息 绝对量聚类 大豆疫霉 聚类分析对象 Genes samples Gene name Sample 1 Sample 2 Sample 3 ……… Gene1 2-fold 1-fold 0.5-fold Gene2 Gene3 ……… Gene N Gene name Sample 1 Sample 2 Sample 3 ……… Gene1 1 0 -1 Gene2 Gene3 ……… Gene N 取log2后 相对量聚类 S1 S2 S3 S4 Genes 聚类 or tree Sample or Array 聚类 多重比对 多重序列比对的意义 发现多个序列的共性 发现与结构和功能相关的保守序列片段 进化树 半光氨酸 色氨酸 疏水残基 保守区域 8条免疫球蛋白序列片段的多重比对： 上机练习4： Clustal X MEGA4 Clustalx窗口 点击File下拉菜单中 Load sequences选项， 打开序列文件17-RNASE1.fasta.txt 打开后的界面 点击Alignment下拉菜单中的Do Complete Alignment进行比对 回到MEGA主窗口 激活所保存的文件（.aln） 回到MEGA4主窗口构建进化树 已被激活的文件 Original tree Bootstrap consensus tree 节点上的值为通过 Bootstrap检验的次数 不同树型 Tree:树型选择 Branch:分支信息修改 Label:分支名称修改 Scale:标尺设定 Cutoff:cutoff值 软件 网址 说明 ClustalX http://bips.u-strasbg.fr/fr/Documentation/ClustalX/ 图形化的多序列比对工具 ClustalW http://www.cf.ac.uk/biosi/res