SPM8数据预处理.doc

SPM8数据预处理流程 数据准备 处理前首先通过SPM DICOM Import工具将dicom数据转换成NIfTI格式； 转完后删除前10个volumes文件 数据处理流程 数据处理包括slice timing，realignment，normalization和smoothing四步 注意：如果图像获取是隔层（interleaved）进行的，如1、3、5、7、9、2、4、6、8、10，则要先进性slice timing 再进行realign,如果图像各层是连续(sequential)获取的，如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10，则要先进行realign再做slice timing。 1：Slice Timing Data：双击Data，双击Session，添加数据 Number of Slices：输入每祯图像的层数，如“32” TR：输入TR时间，一般为2秒，我们输入“2” TA：是每祯图像获取第一层开始到获取最后一层图像的时间间隔，我们输入TR-TR/nslice，可直接输入公式，如输入“2-2/32” Slice order：我们输入“1:2:31, 2:2:32”。指定层获取顺序的层次序参数是一个含N个数的向量，这里N是每个volume所含的层数。每一个数表示该层在图像(volume)中的位置。向量内的数字排列顺序是这些层的获取时间顺序。如行向量 [1 3 5 7 9 11 13 15 17 19 21 23 25 2 4 6 8 10 12 14 16 18 20 22 24](在Matlab中可表示为[1:2:25,2:2,25])各种扫描类型和输入的层顺序如下：ascending 升序扫描(first slice=bottom): [1:1:nslices]descending 降序扫描(first slice=top): [nslices:-1:1]interleaved 间隔扫描(middle-top):for k = 1:nslices,round((nslices-k)/2 + (rem((nslices-k),2) * (nslices - 1)/2)) + 1,end interleaved (bottom - up): [1:2:nslices 2:2:nslices]，如[1:2:25,2:2,25]interleaved (top - down): [nslices:-2:1, nslices-1:-2:1] Reference Slice：我们输入“31”。选择参考层，通常选择n slice/2，如25层时选择13层作为参考层。Filename Prefix，是指新生成的图像前加何标记，一般采用默认设置。 最后点击面板上方的向右的绿色三角即开始运行。运行完后将会生成一系列a*.img文件，这就是时间校准后的数据。 注意：很多研究者容易将时间校准和空间校准顺序颠倒，一般的观点是如果图像获取是隔层（interleaved）进行的，如1、3、5、7、9、2、4、6、8、10，则要先进性slice timing 再进行realign,如果图像各层是连续(sequential)获取的，如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10，则要先进行realign再做slice timing。 2：Realignment 在预处理面板校准选项中选择“Realign (Est Res)”，出现如下对话框，我们按下面设置进行： 选中“data”, 选择“New Session”, 然后选中data下出现的 “Session”选项。点击“Specify Files”，用spm文件选择器选择刚做完时间校准的图像（a*.img）。其余选项采用默认设置，点击上方绿色的三角开始运行。 3：Normalise 在预处理面板标准化选项中选择“Normalise: Estimate Write”，出现如下对话框： 我们做如下设置： 选中“data”——“new subject”，在data下新出现的 “subject” 选项中作如下设置， “source image”：选择空间校准步骤中生成的mean文件； “image to write”：选择所有刚进行完校准的文件“ra*.img”； “template image”：选择“EPI.nii”； “Bounding box”: -90 -126 -72; 90 90 108 “Voxel sizes”：修改为 3 3 3； 其余采用默认设置，点绿三角运行。 4：Smoothing 在预处理面板标准化选项中选择“smooth”，出现如下对话框： 我们在“image to smooth”选项中选择所有刚进行完标准化的文件“wra*.img”然后点绿三角运行即可。这里F