轮枝镰孢SSR标记开发及在玉米分离群体遗传多样性-中国农业科学.PDF

中国农业科学 2012,45(1):52-66 Scientia Agricultura Sinica doi: 10.3864/j.issn.0578-1752.2012.01.007 轮枝镰孢SSR 标记开发及在玉米分离群体遗传 多样性分析中的应用 任 旭，朱振东，李洪杰，段灿星，王晓鸣 （中国农业科学院作物科学研究所/ 国家农作物基因资源与基因改良重大工程，北京 100081） 摘要：【目的】开发轮枝镰孢（Fusarium verticillioides）的 SSR 标记，为轮枝镰孢遗传多样性研究提供 技术支持。【方法】利用Fastpcr 在轮枝镰孢基因组中查找符合条件的SSR 位点，采用Primer5.0 软件设计引物， 利用NTSYS 及Popgene 分析来自玉米的轮枝镰孢单孢分离物群体的PCR 扩增结果。【结果】共设计有效扩增SSR 引 物158 对，经筛选，109 对（69.0%）可扩增出2 条及以上的条带，其中55 对引物（34.8%）多态性较好，可扩增 出3 条及以上的条带。从11 条已组装的轮枝镰孢染色体上各选出2 对多态性引物，计22 对引物，对66 株轮枝镰 孢玉米分离物进行扩增，共获得125 个等位变异，变异范围为2—11 个，平均为5.68 个。轮枝镰孢玉米分离物之 间Nei’s 基因多样性指数为0.1139—0.8687，平均为0.6199，表现出较高的遗传多样性。【结论】基于轮枝镰孢 基因组序列开发的SSR 标记具有很好的多态性，可用于轮枝镰孢的遗传多样性分析。用22 对SSR 引物扩增，以遗 传相似系数0.3 进行划分，可将66 株轮枝镰孢玉米分离物分为3 群；中国轮枝镰孢玉米分离物的遗传多样性与地 理分布无相关性。 关键词：轮枝镰孢；简单串联重复序列；玉米分离物；遗传多样性 SSR Marker Development and Analysis of Genetic Diversity of Fusarium verticillioides Isolated from Maize in China REN Xu, ZHU Zhen-dong, LI Hong-jie, DUAN Can -xing, WANG Xiao-ming (Institute of Crop Science, Chinese Academy of Agricultural Sciences/ The National Key Facility for Crop Genetic Resources and Improvement, Beijing 100081) Abstract: 【Objective 】 The objective of this study is to analyze genetic diversity of Fusarium verticillioides and to develop SSR markers for this fungus. 【Method 】 Fastpcr was used for searching SSRs in genomic sequence of F. verticillioides. The sequences including suitable SSRs were selected to design primers using Primer5.0. The NTSYS and Popgene programs were used to analyze genetic diversity of maize isolates of F. verticillioides. 【Result 】 Among the 158 primer pairs designed, 109 pairs (69.0%) were able to amplify 2 or