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创腾生命科学基础班分子动力学
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DS2.5中的分子动力学模拟
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第二级
王昊 hwang@
第三级
2010-07-21
第四级
第五级 腾科技生命科学暑期培训班基础班创腾科技生命科学暑期培训班基础班
培训内容
• DS CHARMm概述
•• 分子动力学原理简介分子动力学原理简介
• DS CHARMm参数设置技巧
单击此处编辑母版标题样式
• DS CHARMm hands-on练习
• QA 单击此处编辑母版副标题样式
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培训内容
• DS CHARMm概述
•• 分子动力学原理简介分子动力学原理简介
• DS CHARMm参数设置技巧
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• DS CHARMm hands-on练习
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DS CHARMm是经典而强大的分子模拟程序
• 使用经典而强大的CHARMm计算引擎及CHARMm系列力场
• 哈佛大学Martin Karplus于1983年开发，并不断发展
• 目前已发表成百上千的学术文章，学术结果遍布各类杂志，涵盖材料、生命等多
学科学科。。
其研究对象包括：蛋白质、多肽、脂、核酸、碳水化合物、小分子配体在溶液环境、
晶体状态及生物环境下的分子模拟
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主要研究领域：
• 分子构象分析
• 蛋白质折叠 单击此处编辑母版副标题样式
• 酶催化反应机理研究酶催化反应机理研究
• 生物大分子运动
• 生物大分子构象变化
• 疾病的发病机理
• 蛋白-蛋白相互作用
• 蛋白质-配体相互作用
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• 。。。
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多种生物大分子模拟体系
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DS CHARMm : 基本任务
• 单点能计算(MM,QM/MM)
• 相互作用能计算
• 几何优化(MM,QM/MM)
• 动力学计算
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• 溶剂化计算
• 各类性质计算
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