DNA甲基化研究分析.pptx

DNA甲基化研究周承zc@forevergen.cmDNA甲基化的发现 1DNA甲基化研究方法的发展 2甲基化的生物学意义及案例分析 3 目录CONTENS DNA甲基化的发现1979年，Mc Ghee 发现鸡β珠蛋白基因比邻的C核苷酸甲基化后,转录受抑制。哺乳动物基因组中约有 5%- 10%是CpG位点，其 中约有 70%为 mCpG。管家基因组织表达特异基因的启动子 CpG island： 长度至少700bp，GC含量超过55%， CpG比值大于0.60。 正常人基因组中CpG岛中的CpG位点一般处于非甲基化状态DNA甲基化研究方法的发展Genomics特异位点芯片WGBS高通量测序BiologyFunctional大量基因全基因组单基因ComparativeDNA甲基化检测方法目标位点检测芯片高通量测序甲基化位点PCR（MSP） Human CpG Island Microarray Kit（安捷伦）Bisulfite-Seq (WGBS) 亚硫酸盐处理测序（BSP）Infinium HumanMethylation450 BeadChip（Illumina）Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS) 酶切法Human DNA Meth 2.1M Deluxe Promoter Array（Roche NimbleGen）Methylated DNA Immunoprecipitation Sequencing (MeDIP-Seq) 荧光定量Seven-array GeneChip? Human Tiling 2.0R Array Set（Affymetrix）单分子实时(SMRT)测序技术（Pacific Biosciences）溶解曲线分析焦磷酸测序MassARRAY 酶切质谱应用最广全基因组（所有C位点）金标准与Illumina测序结合启动子及CpG岛（C位点）高甲基化的DNA片段（片段）区分5-mC 和5-hmCBSP（Bisulfite sequencing PCR）MSP（Methylation specific PCR）亚硫酸盐处理亚硫酸盐处理一对引物两对引物测序，检测到每一个C位点的甲基化情况检测是否发生甲基化MS-qPCRMP UPFinchTVDNA甲基化的生物学意义及案例分析生物学意义基因组印记X染色体失活基因沉默肿瘤相关衰老相关√Centenarian（16,775,090; 73.%）DNA had 494,595 less mCpGs than did the newborn(16,280,495; 80.5%)WGBS测序结果：575 M and 576 M raw reads resulting51.79(NB)and51.85(Y103) raw Gb of paired-end sequence data.92.2%(NB)and91.6%(Y103) of Cs and 93.9%(NB) and 93.5%(Y103)of CGs were covered.差异位点分析:17,930 DMRs芯片结果分析：283,579 CpGs芯片结果差异分析：2,237 DMRsIntergenic sequencesQ-PCR：8 Randomly selected genes with tissue-speci?c expressionaging-progressive loss of DNA methylation焦磷酸测序BSP相关基因的表达DNA methylation analyses in DMR-associated promotes of candidate genesRandom selected(WGBS+450 K) DMRsDNA methulomes at the two extremes of the human lifespan are distinct.Thank You!