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利用进化树制作过程
教你一步一步利用MEGA4.0 软件
构建16S、ITS 或者LSU D1/D2 的进化树
作者：sudaji42
新疆大学生命科学与技术学院
资源微生物研究室
2008 年3 月
利用MEGA4.0 软件构建进化树 新疆大学生命科学与技术学院资源微生物研究室
教你一步一步利用MEGA4.0 软件
构建16S、ITS 或者LSU D1/D2 的进化树
一、打开MEGA4.0 软件所在的主页/ 。
二、下载MEGA4.0 。点击红线圈内的按钮开始下载软件。在这里选择适合于windows 操作
系统的MEGA 版本软件。
三、输入下载者真实的姓（Family Name,家庭姓）和名（Second Name,名字），以及常用的电
子邮箱。点击“submit and download”开始下载MEGA 软件。安装软件就不讲了。
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四、建树的文件格式：
1、可以是.txt 或者是待要建树的GenBank 检索号，如AB001823,EU056624 等等。
[1] .txt 格式文件,如图所示。
2 、打开MEGA4.0 。
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3、点击Alignment,依次打开Alignment Explore/CLUSTAL,单击确定。随后出现如图所示。
4 、确定选项，选取新建一个比对文件，点击“OK ”。
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5、建立一个DNA （核酸）比对文件，点击“YES”;如果点击了“NO ”，那么你将建立了一
个蛋白质比对文件。在这里我们点击“YES ”。
6、打开MEGA4.0 的核酸比对浏览器（alignment explorer ），如图所示。
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7、开始导入本段开始之初的文件格式.txt 文件，点击如图内的红圈内按钮，操作如图所示。
8、紧接着，在打开文件夹选取将要建树的.txt 文件，操作如图所示。
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9、选取全部建树需要的.txt 文件，点击打开。
10、导入的文件如图所示。
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11、点击“alignment”文件选项里的“Align by CLUSTAL_W”,开始对导入序列进行比对。
12、一般情况下，对“CLUSTAL_W parameters”采用默认状态设定。并点击“OK ”。
作者：sudaji42
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