4Rasmol使用图解.ppt

Rasmol使用图解 raswin，是RASMOL的windows版本。主要用来看分子三维模型?（*.pdb文件)。该软件功能强大，但很多命令要用命令行进行操作。下面，就raswin?2.7为例，学会三维结构观看软件raswin的基本使用。?  启动程序? 我们可以看到以下两个窗口，黑的是图形界面，白的是命令行界面。 我这里打开个pdb文件：pdb1r9o.pdb，是x光衍射得到的cyp2c9酶的结构 首先用图形界面窗口打开pdb文件（点击file---open）默认是wireframe的显示模式 改成strands显示模式按住shift键向上脱动鼠标以放大拖动鼠标以旋转分子角度右键拖动鼠标以移动分子如图： 问题来了：cyp2c9酶里面的卟啉环哪去了？下面要用到命令窗口了，在命令窗口输入如下命令：select hetero来选择杂原子 回到视图窗口选择display--sticks模式，可见杂原子显现出来：一个卟啉环，一个底物，一个甘油这是因为，对小分子来说，只有Wireframe与Sticks两种模式可以正常显示 此时选定的还是杂原子在命令行输入color red, 把杂原子涂红 按住shift键向下脱动鼠标以缩小视图在命令行输入 show sequence 以显示蛋白的残基序列可见：是单链（只有chain a）, 序列从26号开始，前面的残基表达时为了好结晶删去了另外还有些命令，比如show information 显示分子信息  下面我要仔细观察98号氨基酸残基所以在命令窗口输入：select 98(注意空格)color yellow  为了看得更清楚在图形窗口选display---spacefill option-----specular 是显示漂亮的高光效果option-----stereo是显示古怪的分眼图（对眼图，三维立体画） 帮助文件里提到的相关命令 select hem(选定卟啉环)图形窗口---colours----cpk（改变卟啉环的颜色模式） dots给选定目标加上范德华点状表面dots 400是要点密一点 选定中心位置的铁并改变显示模式，使其能正常显示（因为棒状图里单个原子无法正常显示） 如下命令是选定距259号残基3.2A以内的所有原子当然要配合在图形窗口改变显示模式，以方便观察 * *