丙型肝炎病毒基因分型讲义.ppt

丙型肝炎病毒基因分型研究进展基因变异与干扰素-α抗病毒治疗应答的关系;丙型肝炎病毒基因分型概况;HCV的基因型/亚型;HCV的基因型/亚型;HCV基因分型方法;型特异性引物分型法比较(Ohno法和Okamoto法);线性探针杂交（InnoLipa);TRUGENE HCV 5’NC Kit;5’UTR (5’Non-Coding Region) 高度保守 HCV RNA诊断实验的常用区域 有一套良好的多态性特征，因此可用于基因分型 许多HCV分型商业试剂盒都采用该区进行分型 TRUGENE HCV 5’NC Genotyping Assay VERSANT HCV Genotyping Assay (LiPA);应选择HCV基因组中的哪个区进行分型?应选择何种分型方法?;流行病学调查（需确定亚型）：;临床工作;NIH Consensus Statement on Management of Hepatitis C: 2002.;临床工作;丙型肝炎病毒5’非编码区ABC程序 复合酶切分型法;HCV 5’UTR gene;HCV不同基因型5’非编码区酶切位点分析;HCV不同基因型5’非编码区酶切位点分析;HCV不同基因型5’非编码区酶切位点分析;HCV 5’非编码区ABC程序分型法电泳模式图 ;Set;城市;克拉玛依 KELAMAYI;1-7分别为1b, 1b, 1b/2a, 1b/2b, 1b, 2b, 1a 型样品 ;257; 4例样品5’UTR测序结果与参考序列比对结果 ; 同源性分析： ;NS5B进化树分析结果;NS5B进化树分析结果; HCV 5’非编码区序列分析; HCV 5’非编码区序列分析;沈阳、吉林、延边三个地区的HCV基因型感染状态明显不同。 沈阳和吉林的HCV感染以1b和2a为主，沈阳则有3a和3b型的检出。 延边地区的HCV 1a型感染率仅次于1b型，与中国1b和2a为主的感染模式明显不同。 这种基因型分布的差异除与地区有关外，由于延边地区以朝鲜族为主，可能与民族有关。 ;1a DQ087250, DQ087249(5’UTR) AY443348(NS5B) 1b AY702948, AY702949, AY702950, AY702951, AY702952,AY702953.(5’UTR) 3b AY311400, AY311401,AY311402(5’UTR) AY443346 AY443347(NS5B) 6a AY862539, AY862540, AY862541, AY862542 (5’UTR) ;Lu L, et al.J Med Virol,2005,75:538–549. ;丙型肝炎病毒基因重组;既往研究：丙肝变异株没有基因重组现象;Until 2002;圣彼得堡6例2k/1b的重组株重组位点均位于nt3175位(NS2区) ;南美洲4例1a/1b的重组株重组位点均位于nt8321位 (NS5B区);重组在自然感染中有多大比例？;重组的分析和命名; 对于所有的分型实验来说，不管是建立在5’UTR还是其它的区域，都是基于一个前提，就是所分析的一个基因区可代表整个基因组。 因此，在确立HCV分型检测方法时考虑到重组的存在是很有必要的。最近有较多两个编码区分型结果不一致的报道，推测可能为重组株。因此对两个编码区（core/E1，NS5B区）进行测序和进化树分析可能是基因分型最准确的方法。; ;HCV数据库; 目前HCV数据库有： Hepatitis Virus Database (Japan) http://s2as02.genes.nig.ac.jp/ euHCVdb (Europe) http://euhcvdb.ibcp.fr/ LANL HCV Database (U.S.) /;HCV数据库的推荐引物（可扩增多种基因型）;丙型肝炎病毒1b型5’非编码区基因变异; 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 ;; HCV 1b型的变异株？ HCV 1型的其它亚型？;随机选取6例1b型有BamH I 酶切位点的病毒株（21，57，89，158，162，167） ; 未酶切样品 酶切样品 ;有BamHⅠ酶切位点病毒株的测序结果 ;6例样品与1型的各亚型参考序列NS5B区进化树分析结果 ;6例样品与38例1b型全基因参考序列NS5B区进化树分析结果 ;（日本株） ;我们发现的HCV