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数据光盘使用说明 博奥生物有限公司 微阵列服务部 * 光 盘 目 录 Raw_data_files SignalMap_GFF_files Final_data_files 质控报告 相关软件 实验说明及相关文献 * pair： 文件夹内容为所有探针的原始信号值； png: 文件夹为所有芯片的杂交图片 样品信息 ： Raw data files 样品名称 芯片编号 STC编号 DM 428652A01 13 NF 428652A02 15 * SignalMap GFF files 此文件夹包括单张芯片的校正后数据： ratio.gff： 实验样品（IP）和对照样品（input）之间的探针信号比值（Log2 Ratio）； ratio_peaks_pvalue.gff： 根据探针的ratio值用统计检验的方法 计算pvalue，判断探针信号在实验样品（IP）和对照样品（input）之间是否有显著差异（-Log10 Pvalue） ； 注：.gff文件可以用于输入SignalMap软件中图形化展示数据结果。 * Final data files 此文件夹为筛选出的差异甲基化区域结果： Ratio(AvsB)_peaks.gff：筛选出样品A比样品B甲基化程度高的区域； Ratio(BvsA)_peaks.gff：筛选出样品B比样品A甲基化程度高的区域； peaks_mapToFeatures(anno).xls ：为每个样品中高甲 基化区域及相关基因注释； Ratio(AvsB)_peaks_mapToFeatures(anno).xls：为两个样品组中发生 了甲基化差异的区域及相关基因注释， 表格中包括以下内容 （见下页）； 注：.gff文件可以用于输入SignalMap软件中图形化展示数据结果。 * Final data files CHROMOSOME 染色体 FEATURE_START FEATURE起始位置 PEAK_START Peak起始位置 FEATURE_END FEATURE终止位置 PEAK_END Peak终止位置 Location promoter region:A，表示此Peak在 基因A的启动子区域；within:A，表 示此Peak在基因A内部； left:A(XXX)，表示A基因在染色体 上位于Peak左侧XXXbp； right:A(XXX)，表示A基因在染色体 上位于Peak右侧XXXbp (+/-)表示基因所在正/负链 PEAK_SCORE Peak甲基化的显 著性 FEATURE_TRACK 注释区域的类型 Log_Ratio Peak中所含探针 的Log ratio均值 CpG_Island Peak附近的CpG Island信息 FEATURE_ID FEATURE的ID 号 表格中Log_Ratio值表示了样品间甲基化差异的倍数，建议筛选Log_Ratio值较大的Peak进行后续分析和验证。 质控报告 * ? “stc.xls”：Sample Tracking Controls质控结果。每个STC是一条48mer长的标记cy3的 Oligo序列，在杂交时加入，能和芯片上预先合成的质控互补序列进行杂交， 每个样品加入一种STC，对杂交后样品的确定以及是否发生交叉污染进行质控，同时也可以对芯片杂交是否成功进行质控。 * 相关软件 SignalMap.exe：SignalMap软件的安装程序； signalmap1.9usersguide.pdf： SignalMap软件的说明书； SignalMap使用说明.pdf： SignalMap软件使用简介； 090618_HG18_CpG_Refseq_Prom_MeDIP.gff：Human的基因、探针在染色体中的位置信息，可导入SignalMap软件中查看。 * 实验说明及相关文献 Roche_MeDIP甲基化实验基本过程.pdf：对NimbleGen 甲基化芯片实验过程的简要说明。 甲基化芯片发表的相关文献： High-resolution mapping of DNA hypermethylation and hypomethylation in lung cancer.pdf Comprehensive DNA methylation profiling in a human cancer genome identifies novel epigenetic targets.pdf Lineage-Specific Polycomb Targets and De Novo DNA Methylation Define Rest