海量种群基因表达式编程的内存删冗算法-计算机工程.PDF

第40卷　 第9期 　 计 算 机 工 程 　 2014年9月 　 　 Vol.40　 No.9 　 Computer Engineering September 2014 ·人工智能及识别技术 · 文章编号:1000-3428(2014)09-0233-05　 　 　 文献标识码:A　 　 　 中图分类号:TP18 海量种群基因表达式编程的内存删冗算法 1 2 钟坚成 ,彭　 玮 (1.湖南师范大学工程与设计学院,长沙410081;2.昆明理工大学信息工程与自动化学院,昆明650093) 摘　 要:在大样本、多种群、高进化代数的情况下,基因表达式编程(GEP)容易产生冗余个体染色体有效串,从而影 响计算性能。 为解决该问题,提出一种基于内存检测种群冗余的算法MPRRGEP。 分析单基因、多基因对种群冗余 性的影响,设计个体染色体有效性的测度方法。 提出内存Hash 种群映射删冗算法,在内存中索引个体染色体数 据,减少相同有效串的重复计算次数,大幅提高GEP计算性能。 实验结果表明,相比传统GEP算法,MPRRGEP算 法平均减少60% 以上的计算时间。 关键词:基因表达式编程;删冗;哈希表;基因有效串;多基因;关键蛋白质预测 Memory Reducing Redundant Algorithm of Gene Expression Programming with Mass Population 1 2 ZHONG Jian-cheng ,PENG Wei (1.College of Engineering and Design,Hunan Normal University,Changsha410081,China; 2.Faculty of Information Engineering and Automation,Kunming University of Science and Technology,Kunming650093,China) 【Abstract】 Under the condition of large-sample,multi-population and high-evolution computation,Gene Expression Programming(GEP)isprone toproduceredundantvalidstringsofchromosome,whichimpactsitsperformancedramatically.To addresstheproblem,this paper proposes a new strategy named Memory Population Reducing Redundant GEP(MPRRGEP), which checksrepeatvalidstringsofchromosomeandreducestheredundantinmemory.Itanalysestheinfluenceofvalidstrings inboth single-gene and multi-gene chromosome on the performance of GPE.And a method that can effectively measure the validity ofindividualchromosomeisdesigned.ByusingHashtechnique,theindexofthedataofvalidindividualchromosomeis constructed in memory