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海量种群基因表达式编程的内存删冗算法-计算机工程
第40卷 第9期 计 算 机 工 程 2014年9月
Vol.40 No.9 Computer Engineering September 2014
·人工智能及识别技术 · 文章编号:1000-3428(2014)09-0233-05 文献标识码:A 中图分类号:TP18
海量种群基因表达式编程的内存删冗算法
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钟坚成 ,彭 玮
(1.湖南师范大学工程与设计学院,长沙410081;2.昆明理工大学信息工程与自动化学院,昆明650093)
摘 要:在大样本、多种群、高进化代数的情况下,基因表达式编程(GEP)容易产生冗余个体染色体有效串,从而影
响计算性能。 为解决该问题,提出一种基于内存检测种群冗余的算法MPRRGEP。 分析单基因、多基因对种群冗余
性的影响,设计个体染色体有效性的测度方法。 提出内存Hash 种群映射删冗算法,在内存中索引个体染色体数
据,减少相同有效串的重复计算次数,大幅提高GEP计算性能。 实验结果表明,相比传统GEP算法,MPRRGEP算
法平均减少60% 以上的计算时间。
关键词:基因表达式编程;删冗;哈希表;基因有效串;多基因;关键蛋白质预测
Memory Reducing Redundant Algorithm of
Gene Expression Programming with Mass Population
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ZHONG Jian-cheng ,PENG Wei
(1.College of Engineering and Design,Hunan Normal University,Changsha410081,China;
2.Faculty of Information Engineering and Automation,Kunming University of Science and Technology,Kunming650093,China)
【Abstract】 Under the condition of large-sample,multi-population and high-evolution computation,Gene Expression
Programming(GEP)isprone toproduceredundantvalidstringsofchromosome,whichimpactsitsperformancedramatically.To
addresstheproblem,this paper proposes a new strategy named Memory Population Reducing Redundant GEP(MPRRGEP),
which checksrepeatvalidstringsofchromosomeandreducestheredundantinmemory.Itanalysestheinfluenceofvalidstrings
inboth single-gene and multi-gene chromosome on the performance of GPE.And a method that can effectively measure the
validity ofindividualchromosomeisdesigned.ByusingHashtechnique,theindexofthedataofvalidindividualchromosomeis
constructed in memory
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