靶向靶向蛋白质组介绍-上海易算生物科技有限公司–OmicsSolution.PDF

上海易算生物科技有限公司 靶向靶向蛋白质组介绍 marketing@ 目录 1. 靶向蛋白质组学介绍 2 2. 靶向蛋白质组学技术流程 2 3. IRT 3 4. PRM 3 4.1 PRM 实验流程 3 4.2 PRM 实验应用 4 4.3 PRM 实验报价 4 1 1. 靶向蛋白质组学介绍 基于高效液相色谱的鸟枪法蛋白组学（LC-MS/MS ）具有强大的蛋白定性能力，但是在蛋白定量上，其灵敏度仍待提高。 而近来兴起的靶向蛋白组学技术，在蛋白定量上灵敏度更佳，重现性更好。如果鸟枪法蛋白组学是对样品进行大规模的盲筛， 那么靶向蛋白组学就是有针对性的对一组已知的感兴趣蛋白，进行高质量的靶向定量。 我们的靶向蛋白质组学流程预先设计了一套可以在海量样品中对 150 个已知蛋白质进行绝对定量的方案。HRM 技术 （Hyper Reaction Monitoring ，超反应监控）需要对所有肽段和碎片离子进行采集，靶向蛋白质组只对需要进行检测和关 注的多肽进行质谱采集并分析定量，这样可以对成百上千个样品实现更高灵敏度和精确度的定量。在将稳定同位素标准品添 加到样品后，靶向蛋白质组允许对感兴趣的蛋白质进行绝对定量。 靶向蛋白质组学目前主要有两类技术：多反应监测和平行反应监测（MRM 和 PRM ）。MRM 是一项经典的靶向蛋白质 组检测技术，主要依赖三重四级杆质谱。而更加新的 PRM 技术则依赖于新一代高分辨 Orbitrap 质谱仪。 SRM （选择反应监测，也称为MRM ）是靶向蛋白组学的金标准，而它的衍生技术，PRM （平行反应监测）则在最近刚 刚兴起。PRM 技术依赖于高质量精度/高分辨率的质谱仪，因此其靶向定量的结果与 SRM 相比而言，选择性更高，灵敏度更 佳，重现性更好，在复杂背景中的抗干扰能力更强。在实际操作方面，PRM 比 SRM 更简单，成本更低，主要表现在：1 ）不 需要预先设计靶向蛋白的母离子/子离子配对信息，节约实验设计和操作时间；2 ）可根据需要选择是否加入合成的标准肽段， 可在很大程度上节约实验成本。在应用方面，PRM 可替代传统的 Western blot 技术，一方面，使蛋白验证不再受制于商业 化抗体，可以应用于多种非模式生物，另一方面，是抗体验证能够高通量的在大规模生物样本上进行，提高实验效率。 2. 靶向蛋白质组学技术流程 靶向蛋白质组技术流程分为三个步骤：  方法开发建立：靶向蛋白质组学分析的第一步就是针对目标样品开发合适的分析流程并用 HRM 方式构建相应的 谱图数据库。针对感兴趣的蛋白质，需要建立并优化一系列检测方式（也称为 transition 或 exclusion lists)。预 分析需要获得肽段谱峰的特征信息，如碎片离子强度和保留时间 (iRT) ，这些结果是正式实验数据采集的参考。  采集数据：采集数据会用到三重四级杆质谱 (MRM) 或高分辨 Orbitrap 质谱 (PRM)。这两种方法都需要用前置 的四级杆挑选来自于预实验的目标离子，紧接着将离子引入碰撞室。MRM 方法仅在第三个四级杆中检测预先选择 好的离子，而 PRM 则会用其高分辨检测器检测所有碎片离子，从而在单次分析中定量到更多的蛋白质。  数据分析：大规模样品的数据分析一直是 MRM 和 PRM 的短板，需要研究者输入大量的参数进行优化分析。 Biognosys 开发的 SpectroDive 克服了这些挑战，其拥有目前最智能化的谱峰提取算法，并能够实现大规模样品 的自动化分析。 2 Biognosys 的靶向蛋白质组学分析平台是目前大规模样品、大量蛋白验证研究中必威体育精装版最先进的分析工具。 3. iRT