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多变量非同步重复测量数据插补
多变量非同步重复测量数据插补
非结构化数据
数据结构的一个基本共同点是每一列代表一个观测指标,非结构化数据则不然,不同观测指
标的观测值用同一个变量记录在同一列但不同的记录(行)中,如下表的TestValue 变量,另有
一个变量代表所观测的指标名称,如下表的TestVAR 变量。临床电子病例中的实验室检测资料,
多为非结构化数据,其基本结构如下例练习数据nstructure.xls:
下载数据: /empowerStats/exdata/nstructure.xls
上表中ID=255486 的患者,在2009 年 1 月6 日检测了PLT 这个指标,检测结果为303;随后
在2009 年1 月10 日复查PLT,检测值为553。该患者其它检测指标有WBC、CRP,…。非结构化数
据不要求预先固定测量指标,非常灵活,易扩展。但不能直接进入分析,需要转换成结构化的数
据后才能进行分析,
本模块是将上述的数据结构转换成横向结构数据便于分析。
非同步重复测量插补
要分析两指标之间的关系,需要两指标的同步测量值,如果没有同时测量的值,可以用附近
的测量值取代,但临床上有些指标随时间变化明显,用临近的值取代不一定合理,这时候可以考
虑根据前后的测量值对中间测量时点缺失进行插补,插补方法采用非参数曲线拟合的方法。本模
块在将非结构化数据转换成结构化数据的同时,对缺失测量点数据进行插补,以便后续的数据分
析。
例1. 练习数据nstructure.xls 是非结构化的重复测量数据,对测量时点缺失值进行插补
并转换数据结构,易侕软件操作界面如下:
输出结果如下:
Multivariate Asynchronous Repeated Measurement
Data imputation and synchronization using nonparametric (Kernel) smoothing
Original data
# records (N): 329
# subjects (IDs): 14
measured items
NEUTn ESR PLT WBC CRP RC LC A LCA RCA
( 10 ):
Output data nstructure_1_tbl.xls
# records (N): 73
ID TESTDAY GENDER BMI NEUTn NEUTn.imp ESR ESR.imp PLT PLT.imp
WBC WBC.imp CRP CRP.imp RC RC.imp LC LC.imp A A.imp LCA LCA.imp
Variables: RCA RCA.imp
imp: imputed value for NA
该数据有14 个观察对象,329 条测量记录
检测指标measured items 有:NEUTn ESR PLT WBC CRP RC LC A LCA RCA
输出数据文件 nstructure_1_tbl.xls 里有以下变量:
个体特征变量:ID TESTDAY GENDER BMI
检测指标变量、其插补值变量 (_imp):
NEUTn NEUTn.imp ESR ESR.imp PLT PLT.imp WBC WBC.imp CRP CRP.imp
RC RC.imp LC LC.imp A A.imp LCA LCA.imp RCA RCA.imp
在每个患者每个检测时点(如有观察值,_imp 变量等于其观测值,如没有实际观测值,_imp
为插补值。
以ID=255509 为例,该患者有5 个观测时点:TESTDAY=0、1、7、10、11,TESTDAY=1 时,
NEUTn 观测值缺失,根据前后值对其插补,为17.57065; 而TESTDAY=11 时的NEUTn 也缺失,但
因为没有随后的实际观测值,没有足够的信息对之进行插补。TESTDAY=1、7
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