- 1、本文档共74页,可阅读全部内容。
- 2、有哪些信誉好的足球投注网站(book118)网站文档一经付费(服务费),不意味着购买了该文档的版权,仅供个人/单位学习、研究之用,不得用于商业用途,未经授权,严禁复制、发行、汇编、翻译或者网络传播等,侵权必究。
- 3、本站所有内容均由合作方或网友上传,本站不对文档的完整性、权威性及其观点立场正确性做任何保证或承诺!文档内容仅供研究参考,付费前请自行鉴别。如您付费,意味着您自己接受本站规则且自行承担风险,本站不退款、不进行额外附加服务;查看《如何避免下载的几个坑》。如果您已付费下载过本站文档,您可以点击 这里二次下载。
- 4、如文档侵犯商业秘密、侵犯著作权、侵犯人身权等,请点击“版权申诉”(推荐),也可以打举报电话:400-050-0827(电话支持时间:9:00-18:30)。
查看更多
基因组注释详解案例实例.ppt
基 因 组 注 释;基因组测序相关技术发展;2 weeks
~$1,000; Illumina / Solexa/GIIx
Genetic Analyzer
50~95GB / run
Illumina / Solexa/HiSeq
200GB / run;高通量测序服务;高通量测序服务;高通量测序服务;高通量测序服务;基于BAC的方法;全基因组鸟枪法;;拼接软件的新需求;基因组注释;原核( Prokaryote)基因;基因组注释;开放阅读框 ORF (Open Reading Frame);微生物基因发现要解决的问题;预测软件 GetORF;GETORF:Advanced Options;GETORF:Advanced Options;fasta
gcg
phylip
embl
swiss
ncbi
nbrf
genbank
ig
codata
strider
acedb
staden
text
fitch
msf
clustal
phylip
phylip3
asn1;Metagenomics Community Genomics ● Environmental Genomics;The Complexity of Metagenomics;Genome Annotation, Metagenomics ?;真核生物的基因的完整结构及它的表达过程;基 因 识 别;基于同源性的基因预测法
“从头开始”(Ab initio)预测法
综合使用以上两种方法: 如TwinScan
其它方法: 如数字信号处理,Z曲线, 等;基于序列相似性的基因预测 ;优点:
基于已有的生物学数据, 因此结果更有生物学意义
缺点:
受限于已有的生物学数据
数据库可能存在的误差
对于相似程度应如何定义
;同源有哪些信誉好的足球投注网站 Homology Search;Blast
Web: /blast/
Application:/BLAST/download.shtml
;如何正确看待比较结果;同样或相似的功能蛋白或基因;与已知的功能相关之蛋白基因;也有出问题的时候,虽然很相似,但可能没有什么关系;;注意一;注意二:;隐马科夫模型(Hidden Markov Model, HMM)*
人工神经网络(Neural Network)
动态规划法
决策树
语言学方法
线性判别法
;GENE Prediction;GeneScan;GeneScan;GeneScan;GeneMark;GeneMark;GeneMark;FGENESH;FGENESH;FGENESH;UCSC Genome Browser;Sequence and Analysis of Rice Chromosome 4;General structural features of rice chromosome 4; Classification of repetitive sequences on chromosome 4;Functional classification
;;比较基因组分析;乳酸菌比较基因组;新一代DNA序列分析技术;新技术平台的比较;深度测序数据分析流程;Thank You !
文档评论(0)