生物信息学 第三章 生物信息数据库及其信息检索培训课件方案研究.ppt

第三章生物信息数据库及其信息检索;本章主要内容;生物信息学数据库的地位和作用;生物信息学数据库类型;生物信息学数据库类型;Google vs Baidu;一、序列数据库;核酸序列数据库 GenBank（ /Genbank ） EMBL（ http://www.ebi.ac.uk/embl/ ） DDBJ （ http://www.ddbj.nig.ac.jp/ ） 三个数据库每天互相交换数据 GenBank可通过NCBI的检索系统Entrez获取， Entrez集成来自主要DNA和蛋白序列数据库的数据，包括物种、基因组、定位、蛋白结构和结构域等信息 其他各种专业核酸数据库 非冗余参考序列数据库RefSeq 密码子使用数据库Codon Usage Database CUTG 基因可变剪接数据库ASDB 转录因子数据库TRANSFAC;三大数据库之间的联系;ATTGACTA;GenBank中测序最多的20个物种;human;;蛋白质序列数据库 UniProt（） 由Swiss-Prot、TrEMBL和PIR蛋白质数据库联合构建，提供蛋白质序列和功能注释的核心资源。由三个子库组成：（1）UniProtKB，知识库（2）UniRef：参考簇（3）UniParc，所有公开的蛋白质序列，包括每个序列源数据库的追溯信息 。 IPI （http://www.ebi.ac.uk/IPI/ ） 国际蛋白质索引数据库，针对蛋白质组研究中利用数据库有哪些信誉好的足球投注网站鉴定蛋白的策略而构建的参考数据库，月更新，整合国际上主要的蛋白质数据库（SwissProt，Refseq，PIR，TrEMBL，RefSeq，Ensembl，H-Inv DB翻译的蛋白数据），整合过程中，直接接受手工注释结果。 Nr（ /refseq/ ） NCBI构建，非冗余蛋白质数据库，为每个蛋白质序列记录赋予一个唯一的gi号，并将序列完全一致的非冗余蛋白质合并成簇。;二、结构数据库;结构数据库（蛋白质） PDB（/pdb/ ） RCSB(Research Collaboratory for Structural Bioinformatics)专门用于处理和发布生物大分子三维结构的知识库，提供数据库的检索和下载服务，以及PDB数据文件格式和其它文档的说明，使用软件可对PDB数据库记录用多种模式显示生物大分子三维结构。 蛋白质结构分类数据库SCOP（ http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/ ） 包含从PDB数据库中提取的所有结构域，并详细描述已知蛋白质结构之间的关系 MMDB NCBI的分子模型数据库。 NCBI蛋白结构数据库（/sites/entrez?db=structure/） 包??由x射线衍射和核磁共振实验得到的所有PDB生物分子三维结构，与原始的PDB结构相比，增加一些附加信息：经程序验证的显性化学图像信息、一致的二级结构衍生定义、与MEDLINE相匹配的引用、基于源自生物实体的蛋白质或核酸链进行分类的分子匹配。;三、功能数据库 ;亚细胞定位数据库 PSORTdb（/ ） DBSubLoc（/dbsubloc.html ） 膜蛋白质数据库TMPDB（http://bioinfo.si.hirosaki-u.ac.jp/~TMPDB/） 线粒体蛋白质数据库MitoP2（http://www.mitop.de:8080/mitop2/） 蛋白翻译后修饰 dbPTM（.tw/ ） 磷酸化、糖基化和硫修饰，也收录和蛋白质翻译后修饰相关的生物信息。 O-GlycBase（http://www.cbs.dtu.dk/databases/OGLYCBASE/） 只收录O糖基化数据 PhosphoBase（/） 只收录磷酸化位点的数据 RESID（http://www.ebi.ac.uk/RESID/） 收录蛋白质修饰的注释和结构的数据 ;蛋白质-蛋白质相互作用数据库 DIP（/） 由实验验证的蛋白质-蛋白质相互作用数据，包括蛋白质的信息、相互作用的信息和检测相互作用的实验技术 IntAct（http://www.ebi.ac.uk/intact ） 提供用于蛋白质相互作用数据存储、展示和分析的开源数据库和工具包，可对相互作用数据在网页上进行文本和图像的展示，允许用户通过GO注释或InterPro结构域注释进行网络的扩充 代谢网络和信号途径 KEGG大百科（http://www.genome.ad.jp/kegg/ ） 系统分析基因功能、联系基因组信息和功能信息的知识库，GENES收录完整和部分测序的基因组序列；PATHWAY数据库存储更高级的功能信息，包括图解的细胞生化过程和同系保守的子通路等信息； LIGAND数据库收录关于化学物质、酶分子和酶反