生物信息学NCBI的使用.ppt

生物信息学 -NCBI的使用 .......................... Blast 是由美国国立生物技术信息中心（NCBI）开发的一个基于序列相似性的数据库有哪些信誉好的足球投注网站程序。 Blast是“局部相似性基本查询工具”(Basic Local Alignment Search Tool)的缩写。 Blast 是一个序列相似性有哪些信誉好的足球投注网站的程序包，其中包含了很多个独立的程序，这些程序是根据查询的对象和数据库的不同来定义的。 比如说查询的序列为核酸，查询数据库亦为核酸序列数据库，那么就应该选择blastn程序。 下表列出了主要的blast程序。 BLAST的用途 对于全新序列或已知序列: 寻找相似或同源序列，推测其结构特征（外显子、内含子、保守序列、非保守序列、所处的家族等）及潜在的功能关系。 检索结果-匹配序列列表 谢谢 * * * Blast简介 BLAST简介 核酸序列6框翻译成蛋白质序列，再和核酸数据库中的核酸序列6框翻译成的蛋白质序列逐一进行比对。 核酸 核酸 TBlastx 蛋白质序列和核酸数据库中的核酸序列6框翻译后的蛋白质序列逐一比对。 核酸 蛋白质 Tblastn 核酸序列6框翻译成蛋白质序列后和蛋白质数据库中的序列逐一有哪些信誉好的足球投注网站。 蛋白质 核酸 Blastx 蛋白质序列有哪些信誉好的足球投注网站逐一蛋白质数据库中的序列 蛋白质 蛋白质 Blastp 核酸序列有哪些信誉好的足球投注网站逐一核酸数据库中的序列 核酸 核酸 Blastn 有哪些信誉好的足球投注网站方法 数据库 查询序列 程序名 BLAST程序 NCBI-BLAST的介绍 核苷酸-核苷酸序列比对 蛋白质-蛋白质序列比对 核酸序列翻译成蛋白质序列-蛋白质数据库中的序列比对 蛋白质序列-核酸数据库翻译后的蛋白质序列比对 核酸翻译成蛋白质序列-核酸数据库中的核酸译成的蛋白质序列比对 常用的Blast工具 在此进入蛋白质数据 库有哪些信誉好的足球投注网站P03958序列 开始 蛋白质-蛋白质序列比对 也可以选择tblastn 按照工作要求,直接选择 Blast方法 序列输入方式 第1个是””不能忘记！ 序列信息描述 序列主体 选择有哪些信誉好的足球投注网站区域，这里我们要有哪些信誉好的足球投注网站整个序列，不填 填入序列（copy＋paste）Fasta格式，或者纯序列 选择有哪些信誉好的足球投注网站数据库，这里我们选nr(非冗余的蛋白序列库)。 选择BLAST程序 如果接受其他参数默认设置，点击开始有哪些信誉好的足球投注网站 设置有哪些信誉好的足球投注网站的范围，选择特定物种，或者Entrez关键词 与核酸相关的数据库 与蛋白质相关的数据库 最多显示100条序列 E值上限10如果联配的统计显著性值(E 值)小于该值(10)，则该联配将被检出，换句话说，比较低的阀值将使有哪些信誉好的足球投注网站的匹配要求更严格，结果报告中随机产生的匹配序列减少。 Word长度 打分矩阵，取默认 对打分矩阵的调整 详细参数设置 空位罚分 过滤简单重复序列 图形示意结果 检索结果 目标序列描述部分 带有genbank的链接，点击可以进入相应的genbank序列 进入相应的genbank序列 物种来源 Graphics结果 * * * *