网站大量收购独家精品文档,联系QQ:2885784924

公共免费数据库应用及转录组生物信息分析(20121120长征医院转化医学中心).ppt

公共免费数据库应用及转录组生物信息分析(20121120长征医院转化医学中心).ppt

  1. 1、本文档共74页,可阅读全部内容。
  2. 2、有哪些信誉好的足球投注网站(book118)网站文档一经付费(服务费),不意味着购买了该文档的版权,仅供个人/单位学习、研究之用,不得用于商业用途,未经授权,严禁复制、发行、汇编、翻译或者网络传播等,侵权必究。
  3. 3、本站所有内容均由合作方或网友上传,本站不对文档的完整性、权威性及其观点立场正确性做任何保证或承诺!文档内容仅供研究参考,付费前请自行鉴别。如您付费,意味着您自己接受本站规则且自行承担风险,本站不退款、不进行额外附加服务;查看《如何避免下载的几个坑》。如果您已付费下载过本站文档,您可以点击 这里二次下载
  4. 4、如文档侵犯商业秘密、侵犯著作权、侵犯人身权等,请点击“版权申诉”(推荐),也可以打举报电话:400-050-0827(电话支持时间:9:00-18:30)。
查看更多
公共免费数据库应用及转录组生物信息分析(20121120长征医院转化医学中心)

公共免费数据库应用及转录组生物信息分析 研发部经理 李奇 上海其明信息技术有限公司 全球共享数据的利用价值 NCBI GEO 获得已经发表的基因芯片原始数据 NCBI-GEO数据库 GEO = Gene Expression Omnibus (基因表达精选集) EBI-ArrayExpression数据库 EBI = 欧洲生物信息研究所 核心数据库 1.5万篇论文 截止2011年8月使用公共的GEO数据发表研究结论 如何引用GEO数据 全球基因芯片共享数据的缘起 项目数量 样本数量 Lung cancer GDS### 数据据集编号 GPL### 检测平台类型编号 GSE### 研究项目编号 GSM### 样本编号 检测平台 样本分组 基因注释信息 每个样本每个基因的表达值 详细实验设计 详细样本分组说明 详细基因注释信息 芯片注释信息 试验设计 论文 有大量数据未发表论文 样本列表 芯片检测平台 实验设计 基因芯片信号值 基因注释 Txt文件格式 实验设计 基因芯片信号值 基因注释 XML格式 基因芯片信号值 可用Excel打开 原始值 芯片检测平台描述 Lncrna db 长链非编码RNA查询 Lncrna db 名称、物种、标签 有哪些信誉好的足球投注网站功能 共包括194个有文献支持的lncRNA PubMed ID和UCSC Browser Link 别名 注释 文献 免费下载 在不同物种中的定位 在小鼠中的序列和名称 在人中的序列和名称 小鼠ncRNA表达数据库 组织特异性表达 与蛋白相互作用 其他的一些lncRNA数据库 生物网络分析 更广泛的疾病调节网络 RNA调控网络 蛋白间作用网络 信号通路 RNA-RNA RNA-DNA RNA-蛋白质 蛋白质-DNA调控网络 疾病或药物的核心调控蛋白 疾病或药物作用的差异基因形成原因 经典研究目标 非タンパクコードRNAを利用した医薬開発 Genome Network Protein 2 Protein 1 Protein 3 Protein 4 Protein 5 Protein 5 P Gene 2 Protein X Gene 10 ncRNA 3 ncRNA 4 Gene 5 Gene 6 Drug Gene 7 Protein 10 Protein 12 Gene 3 Protein 7 Protein 7 Protein 8 Protein 9 Gene 1 Protein 11 Protein 13 ncRNA 1 ncRNA 6 Gene 4 Gene 11 Gene 9 ncRNA 2 Gene 8 Disease New Target of Medicine Mutsumi Kanamori-Katayama Ph.D. Yoshihide Hayashizaki M.D., Ph.D. RIKEN Genome Sciences Center Genome Exploration Research Group 全细胞网络分析 差异基因、差异蛋白等任何一组目标基因 (如miRNA靶向基因,组织特异表达基因) 差异基因中核心 调控基因 差异基因中核心 调控基因 关键信号传递枢纽 适用数据 差异基因 差异蛋白 miR靶基因 拷贝数变异片段所含基因 相互作用关系数据库 KEGG Reactome Biogrid HPRD BIND 基于实验证实的基因间作用网络 蛋白质相互作用关系 激活、抑制 磷酸化、去磷酸化 结合、解离 泛素化 糖基化 甲基化 代谢通路的上下游关系 基因表达调控关系 表达激活 表达抑制 基因产物间关系类型 共表达网络(Dynamic-GeneNet/GenRelNet) 发现您研究中独特的信号网络 抑制关系 激活关系 核心调控基因 基因表达若干种现象 基因表达的若干种现象 Genome-wide analysis of transcript isoform variation in humans Nature Genetic 2008 pre-mRNA 剪接 外显子延长 外 内 外 内 外 外 外 内 外 pre-mRNA 剪接 外显子遗漏 外 内 外 内 外 外 外 pre-mRNA 剪接 内含子保留 外 内 外 内 外 外 内 外 外 pre-mRNA 剪接 可变剪接 外 内 外 内 外 外 外 外

文档评论(0)

ctuorn0371 + 关注
实名认证
内容提供者

该用户很懒,什么也没介绍

1亿VIP精品文档

相关文档