在NCBI使用心得1-1.pdf

2008-3-9 00:13:18 AM 第一部分 利用Map viewer 查找基因序列、mRNA 序列、 启动子（Promoter） 下面以大鼠（rattus norvegicus ）的结缔组织生长因子（C T G F ）为例讲述一 具体的 操作步骤 1．打开Map viewer 页面，网址为：/mapview/index.html 在search 的下拉菜单里选择物种，for 后面填写你的目的基因。操作完毕如图所示： 2 ．点击 GO”出现如下页面： 3 ．在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter,下面是让你选择的几个复选框，在Gene 前面的小方框里打勾，然后点击Filter. 出现下图： 14 1 2008-3-9 00:13:19 AM 说明一下：1、染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。2 、 面参考序列给出了 三个，是不同的部门做出来的，经我验证，序列有微小的差异，但总体来说基本相同。尽管 你分别点击后，序列代码、序列代码等有所差异，但碱基基本一致，不影响大家研究分析序 列。现在普 采用的是最上面的那个序列，这一条是世界范围的生物科学家用计算机合成的 一个序列。我也推荐大家使用这个序列。 4 ．点击上述三条序列第一条序列 （即reference）对应的Genes seq，出现新的页面， 页面下方为： 5 ．点击上图出现的 Download/View Sequence/Evidence ”，即下载查看序列等功能，结 果如图所示： 先对上面这张图做点简要的说明，在Sequence Format （序列输出格式）后面是一个 拉 式选择菜单，默认的为FASTA 格式，还有一个是GenBank 格式。我推荐大家选择GenBnak 格式，因为这个格式提供了很多该基因的信息，而FASTA 格式只有基因序列。 6．在Sequence Format 后选择GenBank，然后点击下面的Display，目的基因的相关信 息和序列就出现在眼前 。点击后如图所示（网页较大，只抓取一小部分以作示范）： 14 2 2008-3-9 00:13:20 AM 在上述打开的网页中，你可以看到基因长度，基因序列，以及这个基因是如何被报道出来的 等各种信息。 你会看到: mRNA complement (join(2338..3702, 4082..4293, 4424..4675, 4861..5083, 5171..5454))这代表了从基因的3598 位开始就是转录区了，即我们常说的mRNA 片断，由于内含 子的存在，所以mRNA 在DNA 序列上分成了几段。 CDS complement(join(3406..3702,4082..4293,4424..4675,4861..5083,5171.. 5230)) CDS 代表编码序列，即蛋白编码区是从3406 开始的（ATG ），由于剪接作用所以CDS 区也是 不连续的。 说到这里，可能很多朋友都已经明白了promoter 即启动子区域在哪里了。但我还是再唠叨几 句：转录起始位点前面是基因的调控区，启动子区没有明显的位置定义，大家也只是猜测它的大 体位置，如果你要研究promoter 区的话，建议你选择转录起始位点前的2000个碱基进行研究，一 般默认的是这样。当然你如果觉得长度太长不好研究的话，也可以只研究- 1000 到0 这一千个碱 基，因为一般情况下，启动子区的变异 在这个区域内。 这样大家就可以找到自己的目的基因序列和启动子了，这种方法可能使用的人不是很多，但 我个人比较喜欢，因为它最大的优点是可以找到启动子区域和其他调控区域。 14 3