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在NCBI使用心得2-1
2008-3-9 00:13:26 AM
第三部分 运用STS查找已经公布的引物序列
STS,序列标签位点(Sequence Tagged Site ):一段短的DNA 序列(200 -500 个碱基对),
这种序列在染色体上只出现一次,其位置和碱基顺序 是已知的。在PCR 反应中可以检测处STS
来,STS 适宜于作为人类基因组的一种地标,据此可以判定DNA 的方向和特定序列的相对位置。
以上内容基本是STS 的定义,下面就介绍一 我个人用STS 数据库查找引物的一点经验。
还是使用以大鼠(rattus norvegicus )的C T G F (结缔组织生长因子)为例。
1. 打开NCBI 主页,在Search 后面的下拉菜单选择UniSTS,在FOR 后面填写目的基因。
操作完毕如图所示:
点击GO 以后出现以 页面:
这是你会发现NCBI 又提供了很多序列,下面我们还是要初步筛选我们需要的序列。
2 .根据物种、目的基因所在染色体的位置等选择相应序列(可能不只一个),如41和42是
大鼠CTGF的引物序列。点击41 。下面以点击第一个进入的画面为例。
你会发现这个页面直接就给出了引物序列,PCR 之后的片段长度也是给了的(91bp)。下面
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还有很多相关的信息……
点击42进入下一个页面,如 图:
当我们选第一页的序列3时,可见到如下:
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2008-3-9 00:13:27 AM
3 .点击GeneBank Accession 后面的代码,进入下一个页面:
上 游引物 呈现在眼前了,还有反应体系和反应条件!其中Primer A 是前引物序列,Primer
B 则是后引物序列,并且给出了他们在DNA 序列中的位置。有兴趣的朋友可以在序列中找一下,
是可以找到的, 不过要注意,PCR 是双链扩增,在序列中可以直接找到的是Primer A 的原序列
和Primer B 的互补序列。在步骤二里面我只点开了一个序列,继续打开其他的可能还会有对自己
有用的引物,不过这要你自己慢慢发掘了。
这种寻找引物的方法有点投机取巧的味道,实用程度不是很高,但如果这里面恰好有你想P 的
片段的话,恭喜你,这些引物 是很成熟的引物,可以直接拿过来使用了。如果想寻找引物,大
家可以查阅相关论文,已经报道的引物我们为什么不用呢?!既省时间,可靠性又强。
如果这两种方法 不能找到你需要的引物的话,那就自己设计吧,建议使用Primer 5 和Oligo 。
引物设计的详细内容我在这里就不多说了。
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