在NCBI使用心得2-1.pdf

2008-3-9 00:13:26 AM 第三部分 运用STS查找已经公布的引物序列 STS，序列标签位点（Sequence Tagged Site ）：一段短的DNA 序列（200 －500 个碱基对）， 这种序列在染色体上只出现一次，其位置和碱基顺序 是已知的。在PCR 反应中可以检测处STS 来，STS 适宜于作为人类基因组的一种地标，据此可以判定DNA 的方向和特定序列的相对位置。 以上内容基本是STS 的定义，下面就介绍一 我个人用STS 数据库查找引物的一点经验。 还是使用以大鼠（rattus norvegicus ）的C T G F （结缔组织生长因子）为例。 1． 打开NCBI 主页，在Search 后面的下拉菜单选择UniSTS，在FOR 后面填写目的基因。 操作完毕如图所示： 点击GO 以后出现以 页面： 这是你会发现NCBI 又提供了很多序列，下面我们还是要初步筛选我们需要的序列。 2 ．根据物种、目的基因所在染色体的位置等选择相应序列（可能不只一个），如41和42是 大鼠CTGF的引物序列。点击41 。下面以点击第一个进入的画面为例。 你会发现这个页面直接就给出了引物序列，PCR 之后的片段长度也是给了的（91bp）。下面 14 9 2008-3-9 00:13:26 AM 还有很多相关的信息…… 点击42进入下一个页面，如 图： 当我们选第一页的序列3时，可见到如下： 14 10 2008-3-9 00:13:27 AM 3 ．点击GeneBank Accession 后面的代码，进入下一个页面： 上 游引物 呈现在眼前了，还有反应体系和反应条件！其中Primer A 是前引物序列，Primer B 则是后引物序列，并且给出了他们在DNA 序列中的位置。有兴趣的朋友可以在序列中找一下， 是可以找到的， 不过要注意，PCR 是双链扩增，在序列中可以直接找到的是Primer A 的原序列 和Primer B 的互补序列。在步骤二里面我只点开了一个序列，继续打开其他的可能还会有对自己 有用的引物，不过这要你自己慢慢发掘了。 这种寻找引物的方法有点投机取巧的味道，实用程度不是很高，但如果这里面恰好有你想P 的 片段的话，恭喜你，这些引物 是很成熟的引物，可以直接拿过来使用了。如果想寻找引物，大 家可以查阅相关论文，已经报道的引物我们为什么不用呢？！既省时间，可靠性又强。 如果这两种方法 不能找到你需要的引物的话，那就自己设计吧，建议使用Primer 5 和Oligo 。 引物设计的详细内容我在这里就不多说了。 14 11