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量子化学计算中的LINUX操作系统和一些技巧 方德彩 北京师范大学化学学院 Email：dcfang@ Linux 机群 主服务器 节点 队列管理 软件(1) mpi, mpi2: /research/projects/mpich2/ Fortran： intel, pgi, g95, gfortran, nag 队列管理 Openpbs Sge Condor /condor Linux Fortran编译器 intel pgi / g95 Linux 自带（redhat企业） gfortran pathscale / absoft pro / nag fortran 计算程序的编译 1. 程序语言:Fortran, C 2. Fortran编译器:intel fortran 9.0 ifort pgi fortran 6.2 pgf77 g77 g77 3. C编译器: intel C 9.0 icc pgi C pgcc gcc cc 一些主要计算程序的编译步骤 1. Gaussian 程序 (1)export g03root=/home/dcfang/g03 source $g03root/bsd/file (2)bsd/bldg03 g03.log 注意问题：科学运算库的选择 BLAS = -L/opt/intel/mkl/09/lib/em64t -lmkl_em64t -lmkl_lapack 编译参数： ifort -fPIC -WB -i8 -w -ftz -O3 Blas和lapac Blas(basic linear algebra subprograms) Lapack(Linear Algebra PACKage) mkl blas lapack /resources/software gotoblas 2. Gamess ./compall comp.log cd ddi ./compddi ./lked gamess 00 lked.log 选择： set TARGET=linux64 set FORTRAN=ifort set OPT=‘-O3’ 3. molpro ./configure –mpp –mpi2 –i8 –ifc make 需要ga库： /docs/global/ mpi2, blas, lapack 编译参数在CONFIG文件中 如何构成makefile mkmf: Perl script for makefile construction /perm/vb/mkmf/mkmf 说明书：/~vb/mkmf.html Thank you! * No Yes Vasp No Yes Crystal Yes Yes Spartan No Yes ADF No Yes MOLCAS No Yes MOLPRO Yes Yes GAMESS Yes Yes Gaussian Yes Yes Q-chem Windows Linux 常用并行工具： openmp和mpi Mpi: q-chem, molcas, molpro, adf, vasp, crystal, dalton, nwchem, amber,mpqc, aces, turbomol等 Openmp+Linda: Gaussian, Jaguar Tcp/ip DDI： Gamess 4. 文件格式: fortran *.f *.F *.for c *.c 5. 编译命令: ifort –o f.exe f.f pgf77 –o f.exe f.f pgcc -o c.exe c.c