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下一代基因组测序.pptxVIP

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下一代基因组测序

下一代基因组测序;什么是基因组测序技术?;CNTENTS;第一代;化学降解法;双脱氧链终止法;第二代;Solexa测序技术;具体流程;3、桥型扩增循环获得多拷贝待测DNA片段 在Flow cell内加入未被标记的dNTP和酶起始固相桥型扩增。所有单链桥型待测片段被扩增成双链桥片段,通过变性,释放出互补的单链,锚定到附近的固相表面。通过不断循环,将会在Flow cell的固相表面上获得上百万条成蔟分布的双链待测片段。 4、测序 加入DNA聚合酶和被荧光标记的dNTP和接头引物进行扩增,在每一个测序列簇延伸互补时,每加入一个被荧光标记的dNTP就能释放出相应的荧光,测序仪通过捕捉光信号,并通过计算机软件将光信号转化为测序峰,从而获得待测片段序列信息。 ;SOLiD测序技术 原理:用连接法测序获得基于“双碱基编码原理”的SOLID颜色编码序列,随后的数据分析比较原始颜色序列与转换成颜色编码的reference序列,把SOLID颜色序列定位到refrence上,同时矫正测序错误,并可结合原始颜色序列的质量信息发现潜在SNP位点。;SOLID基因组文库构建;油包水PCR;含DNA模板P1磁珠的固定;SOLID双碱基编码原理及测序流程;第三代;单分子荧光测序;SMRT技术的测序速度很快,每秒约数个dNTP。 但是,同时其测序错误率比较高(这几乎是目前单分子测序技术的通病),达到15% 但好在它的出错是随机的,并不会像第二代测序技术那样存在测序错误的偏向,因而可以通过多次测序来进行有效的纠错(代价是重复测序,也就是成本会增加)。;新型纳米孔测序法(nanopore sequencing)是采用电泳技术,借助电泳驱动单个分子逐一通过纳米孔 来实现测序的。 该技术的关键之一是,设计了一种特殊的纳米孔(只能容纳单分子通过),孔内共价结合有分子接头。 当DNA碱基通过纳米孔时,它们使电荷发生变化,从而短暂地影响流过纳米孔的电流强度(每种碱基所影响的电流变化幅度是不同的)。 通过电信号的差异就能检测出通过的碱基类别,从而实现测序。;三代测序比较;人类进行基因组测序有什么意义呢?;2、HGP对医学的贡献 基因诊断、基因治疗和基于基因组知识的治疗、基于基因组信息的疾病预防、疾病易感基因的识别、风险人群生活方式、环境因子的干预。 3、HGP对生物技术的贡献 (1)基因工程药物:分泌蛋白(多肽激素,生长因子,趋化因子,凝血和抗凝血因子等)及其受体。 (2)诊断和研究试剂产业:基因和抗体试剂盒、诊断和研究用生物芯片、疾病和筛药模型。 (3)对细胞、胚胎、组织工程的推动:胚胎和成年期干细胞、克隆技术、器官再造。;4、HGP对制药工业的贡献 筛选药物的靶点:与组合化学和天然化合物分离技术结合,建立高通量的受体、酶结合试验以知识为基础的药物设计:基因蛋白产物的高级结构分析、预测、模拟—药物作用“口袋”。 个体化的药物治疗:药物基因组学。 5、HGP对社会经济的重要影响 生物产业与信息产业是一个国家的两大经济支柱;发现新功能基因的社会和经济效益;转基因食品;转基因药物(如减肥药,增高药) ;6、HGP对生物进化研究的影响 生物的进化史,都刻写在各基因组的“天书”上;草履虫是人的亲戚——13亿年;人是由300~400万年前的一种猴子进化来的;人类第一次“走出非洲”——200万年的古猿;人类的“夏娃”来自于非洲,距今20万年——第二次“走出非洲”? 7、HGP带来的负面作用 侏罗纪公园不只是科幻故事;种族选择性灭绝性生物武器;基因专利战;基因资源的掠夺战;基因与个人隐私。;Thanks

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