分子系统发育树的构建 生物信息学.pptVIP

文件夹不要用 中文名 Do Complete Alignment 进行完全比对 比对结束，生成的 比对结果文件 （后缀名为.aln） 即可用于构建发育树 构建系统发育树的步骤与方法 选择可供分析的序列 实验、有哪些信誉好的足球投注网站数据库 同源序列的多重序列比对 选择合适方法构建进化树 进化树的可信度评估 已用ClustalX完成了29条序列的多序列比对 建树软件：MEGA（Molecular Evolutionary Genetics Analysis）参见 教材 Page 109 软件 MEGA 4.0.2 Convert To MEGA Format 将Clustal多序列比对结果文件 （后缀名为.aln）转换为MEGA 格式 选择Clustal多序列比对 结果文件（后缀名为.aln） 点击按钮，保存meg文件 关闭转换窗口 回到主窗口 点击 Click me to activate a data file 打开上步保存 的mega文件 Was the quagga (now extinct) more like a zebra or a horse? quagga（Equus quagga，白氏斑马或斑驴） 问题：quagga 倒底是斑马、马还是驴？ 系统发育分析，即构建quagga 、斑马、马、驴的分子系统发育树，能不能将quagga 验明正身呢？ 首先，我们确定一下斑马、马以及驴在生物学分类中的位置 奇蹄目—马科—马属 山斑马（Equus zebra） 普通斑马（Equus burchelli） 细纹斑马（ Equus grevyi） quagga（Equus quagga） ？ 家马（Equus caballus） 野马（Equus przewalskii） 驴 （Equus asinus） 野驴（Equus hemionus） 马属 系统发育树 确定外群（outgroup） 马科—马属 犀科—白犀属—白犀牛（Ceratotherium simum ） 貘科 奇蹄目 外群 （outgroup） 构建系统发育树的步骤与方法 选择可供分析的序列 实验、有哪些信誉好的足球投注网站数据库 同源序列的多重序列比对 选择合适方法构建进化树 进化树的可信度评估 问题1：构建系统发育树，选择什么样的目标序列？ （参见教材 Page107） 软件 选择蛋白质序列还是核酸序列？ 构建远缘物种的系统发育树首选蛋白质序列 构建近缘物种的系统发育树首选核酸序列 因为在进化过程中，蛋白质序列的改变比核酸序列慢，更为保守。 本例选择核酸序列。 构建系统发育树的步骤与方法 选择可供分析的序列 实验、有哪些信誉好的足球投注网站数据库 同源序列的多重序列比对 选择合适方法构建进化树 进化树的可信度评估 问题1：构建系统发育树，选择什么样的目标序列？ 问题2：选择什么样的核酸序列？系统发育分析有没有特征性的、标志性的核酸序列？（查文献） 软件 选择什么样的目标核酸序列？ 在高级分类阶元（科级以上）间的系统发育分析中，选择一些在进化中较为保守的基因或基因片段。 如核编码的蛋白质（酶）基因、rRNA基因（18S rRNA 基因、28S rRNA 基因等）； 在较低级的分类阶元间，可以选择进化速率较快的基因或基因片段。 如 rRNA基因内转录间隔区（ITS）以及一些细胞器基因（线粒体基因和叶绿体基因）等。 选择什么样的目标核酸序列？ 本列研究的是较低级的分类阶元（种），可以选择进化速率较快的线粒体基因。 具体选择什么样的线粒体基因？ 继续查文献 线粒体DNA （mtDNA） 线粒体DNA（mitochondrial DNA，mtDNA）以其较快的进化速度，严格的母系遗传，几乎不发生重组、多拷贝等特征成为分子群体遗传学和分子系统学研究的重要标记。 人类线粒体基因组含有37个基因，其中13个蛋白质基因，2个rRNA（12S rRNA及16S rRNA）基因，还有22个tRNA基因。 线粒体控制区（mtDNA control region） 线粒体控制区（control region，也称为D-loop）是非编码区，进化速度在整个线粒体基因组中最快，其碱基替换率比其它区域高5～10倍，而且由于线粒体控制区分为3个不同的区域，不同区段进化速度不同，使其成为研究动物遗传变异和系统发育非常有效的遗传标记，并得到广泛应用。 mtDNA control region 尤其是脊椎动物种下类群系统关系研究的良好指标。 构建系统发育树的步骤与方法 选择可供分析的序列 实验、有哪些信誉好的足球投注网站数据库 同源序列的多重序列比对 选择合适方法构建进化树 进化树的可信度评估 可选择quagga及马属的mtDNA 控制区序列构建系统发育树 问题3：quagg