常见的多序列比对.ppt

* /93 * /93 课堂练习 非洲的白氏斑马（http://www.foek.hu/dodo/emlos/eqqu.htm ）现已灭绝，这是一种既象马又像斑马的动物，在1872年，人们拍到了最后一只白氏斑马的照片。从博物馆的白氏斑马样本里人们得到了它的线粒体（mitochondrion） DNA并进行了测序。将白氏斑马（Equus quagga boehmi）、马（Equus caballus）和斑马（Equus burchellii）的线粒体DNA进行多重比对，白氏斑马与谁更接近？ * /93 * 0 c t t g t a c g t t a c g t - * /93 采用sp记分 0 -3 -7 -10 -13 -16 -4 -1 -5 -4 -7 -10 -8 -5 -4 -6 -5 -4 -12 -9 -8 -5 -7 -2 -16 -13 -12 -9 -2 -5 -20 -17 -16 -13 -6 1 c t t g t a c g t t a c g t - 三序列比对结果： a t c g t c t t g t -1 -3 -1 3 3 a - c g t * /93 课堂练习 ② ① ③ 利用第二种向导树关键多序列比对 * /93 课后思考题 1，多序列比对有哪些的意义或应用？ 2，为什么不能直接使用动态规划法进行多序列比对？如果采用该方法，比对k条序列其曼哈顿网格（编辑图）中一点（ ）的前导节点数是多少？ 3，多序列比对的累进法用了什么算法思路？ 4，双序列比对的动态规划法可以精确得到某计分系统下的最佳结果吗？该最佳结果是否就是实际的进化过程？多序列比对的累进法能同样得到数学上的最佳结果吗？ 5，为什么多序列比对不能由所有双序列比对组合而成？ * /93 课后思考题 按照该向导图，写出多序列比对的过程。 * /93 课后思考题——比对与比对的比对 ATAGC A-AGC A-GC AAGC * /93 课后思考题 A B C D E A B 22 C 39 41 D 39 41 18 E 41 43 20 10 如下距离矩阵产生怎样的向导树图？ * /93 三、多序列比对工具 http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/ * /93 http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/ 目前最常用的多序列比对软件 * /93 * /93 Why is Clustal Omega useful?【翻译作业】 Aligning multiple sequences highlights areas of similarity which may be associated with specific features that have been more highly conserved than other regions. These regions in turn can help classify sequences or to inform experiment design.?Multiple sequence alignment is also an important step for phylogenetic analysis, which aims to model the substitutions that have occured over evolution and derive the evolutionary relationships between sequences.? http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/help/faq.html#2 * /93 输入格式 相关蛋白数据库或者软件得到的数据格式都可以，注意： Please note raw sequence data (just the sequence with no recognised formatting) will not work with Clustal Omega. If using sequences from NCBI we recommend saving them as FASTA format first. Sequence format conversion tools are available at?http://www.ebi.ac.uk/Tools/sfc/. * /93 What do the consensus symbols mean in the alignment? 结果解释 * /93 What do the colours me